मायकोनोस का पुरातत्व संग्रहालय 1902 में बनाया गया था। संग्रहालय की स्थापना मुख्य रूप से शुद्धिकरण गड्ढे से प्राप्त अवशेषों को संरक्षित करने के लिए की गई थी, जो 426-425 ईसा पूर्व के हैं। इस गड्ढे का पता वर्ष 1898 में प्रसिद्ध विद्वान डी. स्टावरोपोलोस ने रेनेया के सुरम्य द्वीप से लगाया था। संग्रहालय की खूबसूरत वास्तुशिल्प विशेषता को प्रसिद्ध वास्तुकार, एलेक्जेंड्रो लाइकाकिस द्वारा डिजाइन किया गया था। जिस इमारत में संग्रहालय है, उसके निर्माण का विचार शिक्षा मंत्रालय द्वारा एथेंस की पुरातत्व सोसायटी के सहयोग से आया था।हेलेनिस्टिक काल से संबंधित फूलदानों का संग्रह भी उनकी उपस्थिति से उल्लेखनीय है। संग्रहालय के प्रमुख आकर्षणों में से एक कलात्मक रूप से तैयार किए गए पिथोस हैं जो कैप्चर ऑफ ट्रॉय के दृश्यों को कुशलतापूर्वक चित्रित करते हैं। इस उल्लेखनीय पिथोस का पता वर्ष 1961 में तब चला जब खुदाईकर्ता मायकोनोस में एक कुआँ खोद रहे थे।पिथोस कलात्मक रूप से सर्वोत्कृष्ट लकड़ी के घोड़े से ट्रोजन सेना के पतन को चित्रित करते हैं। पिथोस का मुख्य भाग उन पैनलों से घिरा हुआ है जिनमें सैनिकों को निर्दोष महिलाओं और बच्चों के खिलाफ आक्रामक होते हुए दर्शाया गया है। विद्वानों का मानना है कि पिथोस 7वीं शताब्दी ईसा पूर्व का है। यहां विशाल पुरातन अम्फोरा भी है जो जटिल रूप से डिजाइन किए गए अलंकरण के साथ विशिष्ट है। गर्दन पर स्फिंक्स और शरीर पर घोड़े के सिर वाली मूर्ति का विशेष महत्व है।ग्लाइकोन का कब्रगाह भी अपनी उपस्थिति से विशिष्ट है जो संयोगवश समुद्र में खोजा गया था। पीड़ित को चट्टानों पर बैठा हुआ, मार्मिक और विचारशील मुद्रा में जहाज के अगले हिस्से की दिशा में एकटक घूरते हुए देखा जाता है। कुरसी पर इन शब्दों के साथ एक शिलालेख है ग्लाइकोन, प्रोटोजेनिस का पुत्र, गुणी, तुम्हारा भला हो। यह कब्रगाह संग्रहालय के अमूल्य संग्रहों में से एक है।ग्लाइकोन के ग्रेव स्टील के अलावा, टर्टिया होरारिया का ग्रेव स्टील भी है। मृत महिला बैठी हुई दिखाई दे रही है और अपने पति की ओर अपना हाथ बढ़ा रही है, जो ठीक सामने खड़ा है। इसमें अपनी मृत महिला के आभूषणों के डिब्बे के साथ एक गुलाम बच्चे की छवि भी है। यह कब्रगाह रेनेया में स्थित प्रसिद्ध हेलेनिस्टिक कब्रिस्तान में एक संगमरमर के ताबूत के शीर्ष पर स्थित थी, जिस पर शिलालेख टर्टिया होरारिया लिखा हुआ था। इसे ईसा पूर्व दूसरी शताब्दी का माना जाता है।यहां रेनेया की हेराक्लीज़ की मूर्ति भी है। यह अनमोल मूर्ति 1899 में हेराक्लीज़ के सुरक्षित स्वर्ग के अंदर मिली थी। बहादुर आदमी को नग्न दर्शाया गया है और उसके बाएं हाथ में एक गदा और एक शेर की खाल है। यह उत्कृष्ट मूर्ति बेहतरीन किस्म के पैरियन संगमरमर से बनी है और ऐसा माना जाता है कि यह दूसरी शताब्दी की है। अपने जटिल अलंकरण के साथ सर्वोत्कृष्ट साइक्लेडिक फ्राइंग-पैन, जिसमें निचले हिस्से पर महिला जननांग भी शामिल है, मायकोनोस कब्र से निकाला गया था और माना जाता है कि यह प्रारंभिक साइक्लेडिक युग से संबंधित है।संग्रहालय की सबसे प्रसिद्ध कलाकृतियों में से एक पुरातन हाइड्रिया है जिसे जटिल रूप से डिजाइन किए गए पुष्प पैटर्न और घोड़ों की छवियों से सजाया गया है। यह शुद्धिकरण गड्ढे से निकले कई फूलदानों में से एक है। अद्भुत लाल आकृति वाला हाइड्रिया भी देखने लायक है और उड़ते हुए नाइके के आकार से स्पष्ट है। बायीं ओर एक हिरण छलाँग लगाता हुआ दिखाई देता है।प्राचीन यूनानी सभ्यता कलात्मक आकृतियों को आकार देने के लिए मिट्टी का उपयोग करने के लिए जानी जाती थी। मायकोनोस के पुरातत्व संग्रहालय में एक खूबसूरत महिला की शानदार मिट्टी की मूर्ति प्रदर्शित की गई है, जिसे पारंपरिक चिटोन और हीशन पहने हुए दिखाया गया है। यह दुर्लभ मिट्टी की मूर्ति रेनेया में खोजी गई थी और दूसरी शताब्दी की है। पारंपरिक पोशाक पहने एक मृत व्यक्ति की मूर्ति भी इसकी उपस्थिति से विशिष्ट है। खूबसूरत महिला की मिट्टी की मूर्ति की तरह, मृत व्यक्ति की यह मूर्ति भी हेलेनिस्टिक रेनेया इलाके से खोदी गई थी।
