მიკონოსის არქეოლოგიური მუზეუმი აშენდა 1902 წელს. მუზეუმი შეიქმნა ძირითადად განწმენდის ორმოდან ამოღებული ნარჩენების შესანარჩუნებლად, რომელიც თარიღდება ძვ.წ. 426-425 წლებით. ეს ორმო 1898 წელს აღმოაჩინა ცნობილმა მეცნიერმა დ. სტავროპულოსმა თვალწარმტაცი კუნძულიდან რენეიადან. მუზეუმის ელეგანტური არქიტექტურული მახასიათებელი შეიქმნა ცნობილი არქიტექტორის, ალექსანდროს ლიკაკისის მიერ. შენობის მშენებლობის იდეა, რომელშიც განთავსებულია მუზეუმი, დაიბადა განათლების სამინისტრომ ათენის არქეოლოგიურ საზოგადოებასთან თანამშრომლობით.მათი არსებობით აღსანიშნავია ელინისტური პერიოდის ვაზების კოლექციაც. მუზეუმის ერთ-ერთი მთავარი ღირსშესანიშნაობაა საკმაოდ მხატვრულად შესრულებული პითოსი, რომელიც ოსტატურად ასახავს ტროას აღების სცენებს. ეს შესანიშნავი პითოსი აღმოაჩინეს 1961 წელს, როდესაც თხრები თხრიდნენ ჭას მიკონოსში.პითოსები მხატვრულად ასახავს ტროას არმიის დაცემას ძირითადი ხის ცხენისგან. პითოსის კორპუსი შემოსილია პანელებით, რომლებზეც გამოსახულია ჯარისკაცები, რომლებიც უდანაშაულო ქალებისა და ბავშვების წინააღმდეგ თავდასხმას აპირებენ. მეცნიერები თვლიან, რომ პითოსი თარიღდება ჩვენს წელთაღრიცხვამდე VII საუკუნით. ასევე არის მასიური არქაული ამფორა, რომელიც თვალსაჩინოა რთული დიზაინით. განსაკუთრებული მნიშვნელობა აქვს ქანდაკებას კისერზე სფინქსით და სხეულზე ცხენის თავით.გლიკონის საფლავის სტელა ასევე თვალსაჩინოა მისი არსებობით, რომელიც შემთხვევით აღმოაჩინეს ზღვაში. მსხვერპლს ხედავენ კლდეებზე მჯდომარე, მძაფრი და გააზრებული განწყობით, რომელიც ცარიელად იყურება გემის ნაპირის მიმართულებით. კვარცხლბეკზე არის წარწერა ამ სიტყვებით გლიკონ, პროტოგენისის ძე, სათნო, კეთილო. ეს საფლავის სტელა მუზეუმის ერთ-ერთი ფასდაუდებელი კოლექციაა.გლიკონის საფლავის სტელის გარდა, ასევე არის ტერტია ჰორარიას საფლავის სტელა. გარდაცვლილი ქალი ჩანს მჯდომარეში და გაშლილ ხელს აწვდის ქმარს, რომელიც წინ დგას. ასევე გამოსახულია მონა ბავშვის გამოსახულება მისი გარდაცვლილი ქალბატონის სამკაულების კონტეინერით. ეს საფლავის სტელა განლაგებული იყო მარმარილოს სარკოფაგის თავზე წარწერით Tertia Horaria, რენეიაში მდებარე ცნობილ ელინისტურ სასაფლაოზე. ითვლება, რომ იგი მიეკუთვნება ჩვენს წელთაღრიცხვამდე II საუკუნეს.აქვეა ჰერაკლეს ქანდაკება რენეიდან. ეს ფასდაუდებელი ქანდაკება იპოვეს 1899 წელს ჰერაკლეს უსაფრთხო სამოთხეში. მამაცი კაცი გამოსახულია შიშველი და მარცხენა ხელში ჯოხი და ლომის ტყავი უჭირავს. ეს დახვეწილი ქანდაკება დამზადებულია პარიული მარმარილოს საუკეთესო ჯიშისგან და ითვლება, რომ მე-2 საუკუნეს ეკუთვნის. კვინტესენციური ციკლადური ტაფა თავისი რთული მორთულობით, რომელიც მოიცავს ქალის სასქესო ორგანოებს ქვედა ნაწილზე, აღმოჩენილია მიკონოსის საფლავიდან და, სავარაუდოდ, ადრეულ ციკლადურ ეპოქას ეკუთვნის.მუზეუმის ერთ-ერთი ყველაზე ცნობილი არტეფაქტი არის არქაული ჰიდრია, რომელიც მორთულია რთული დიზაინის ყვავილებით და ცხენების გამოსახულებებით. ის მხოლოდ ერთია იმ მრავალ ვაზას შორის, რომლებიც აღმოაჩინეს განწმენდის ორმოდან. მშვენიერი წითელფიგურიანი ჰიდრიაც კარგად იმსახურებს ნახვას და თვალსაჩინოა მფრინავი Nike-ის აღნაგობით. ჩანს ირემი, რომელიც სცვივა მარცხენა მხარეს.ძველი ბერძნული ცივილიზაცია ცნობილი იყო იმით, რომ თიხას იყენებდა მხატვრული ფიგურებისთვის ფორმის მისაცემად. მიკონოსის არქეოლოგიურ მუზეუმში გამოფენილია მშვენიერი ქალის თიხის ფიგურა, რომელიც გამოსახულია ტრადიციულ ქიტონსა და ჰიმატიონში. ეს იშვიათი თიხის ფიგურა აღმოაჩინეს რენეიაში და თარიღდება II საუკუნით. მისი არსებობით ასევე თვალშისაცემია გარდაცვლილის ქანდაკება, რომელსაც ტრადიციული სამოსი აცვია. მშვენიერი ქალის თიხის ფიგურის მსგავსად, გარდაცვლილის ეს ქანდაკებაც აღმოჩენილია ელინისტური რენეიის ადგილმდებარეობიდან.