この観光地化されていないバシリカ・サン・クレメンテ・アル・ラテラノは、教会のさまざまな層に基づき、ローマの歴史を伝えています。教皇クレメンス1世に捧げられた現在の教会「サン・クレメンテ」は、12世紀の間に4世紀の教会の上に建てられたものです。その下には、さらに多くのローマ時代の基礎が見つかっている。 現在のバジリカはローマに数多くあるうちの一つであり、訪問の主な理由ではありませんが、この教会の20メートル下からローマ時代の家屋（紀元前500年から27年）の名残が見つかっています。この家屋は、ネロ皇帝の時代に大火災で焼失し、その後基礎として使われたと考えられています。
この基礎の上に、1世紀に建てられたもう一つの大きな家が発見されました。この家は、当時はまだ宗教の自由がなかったため、教皇クレメンスの秘密の教会として使用されていたそうです。
4世紀、宗教の自由が認められると、秘密教会の上にバシリカが建てられた。この教会には、ペテロの3代目の後継者として教皇になった聖クレメンスの墓が祀られていたのです。このバシリカの特徴は、画家や彫刻家による豊かな装飾が施されていることです。
1084年、ヴァイキングの襲撃で教会の大部分が破壊され、その後、12世紀に教皇パスカルの手によって古い教会の上に新しい教会が建てられた。強固な土台を作るため、旧教会の一部はレンガで埋められ、盛り土が施された。
1862年以降、何度も発掘調査が行われ、下層の教会の古い建造物やモザイク画、フレスコ画が発見された。この教会を訪れると、その歴史のさまざまな層を旅することになるのです。
