コストマロフスキー・スパスキー修道院の起源は定かではないが、17世紀にウクライナの修道士がコサックとともにこの地に定住し、修道院として設立されたと考えられている。しかし、実際にはもっと古く、キリスト教がロシアに伝わった頃に遡るという説もあるようです。
18世紀末にベロゴルスキー・ヴォスクレセンスキー修道院の付属修道院として記録されたのが最初の証拠とされている。革命後、修道院は閉鎖されたが、密かにここに留まった修道士もいた。1930年代後半に発見された長老ピョートルは投獄され、その後獄中で死亡したと言われている。第二次世界大戦中、旧修道院は占領地域にあり、地元の人々が洞窟に隠れたと言われている。戦後しばらくは救世主聖堂の再開が許されたが、1959年、フルシチョフの反宗教政策により再び閉鎖された。1997年に正教会に領土が返還され、修道院ではなく、修道院として再開された。