マルタの首都に滞在するなら、聖ヨハネ大聖堂を訪れないわけにはいきません。このプロジェクトは、聖ヨハネ騎士団の教会として、1572年にグランドマスタージャン・ド・ラ・カシエールによって依頼され、マルタの建築家ジェロラモ・カッサルによって設計されました。1577年に完成し、騎士団の二人の守護聖人の一人である洗礼者聖ヨハネに捧げられました。ヴァレッタの聖ヨハネ大聖堂は、マルタの国にとってキリスト教の重要性を示しています。16世紀に建てられたこの大聖堂は、外からはあまり見えませんが、中を覗いてみると、本当に驚かされることでしょう。17世紀に改修されたこの大聖堂は、バロック様式の豪華な装飾が施されています。コ・カテドラルには、豊かなバロック美術や遺物のほかに、印象的なバロック様式のフレスコ画、華麗な大理石の床、立体的な彫像、彫刻を施した石の壁、イタリアの著名なバロック芸術家マッティア・プレティが装飾した息を呑むような丸天井などが残されているのです。この大聖堂には、ミケランジェロ・メリージ・ダ・カラヴァッジョの作品として世界的に知られる「洗礼者ヨハネの斬首」(1608年)があります。この作品は、カラヴァッジョの作品の中で最も大きく、彼の署名が入った唯一の作品です。1年中毎日、この作品を一目見ようと多くの人が大聖堂を訪れ、島に滞在するたびに大聖堂に足を運ぶ人も少なくありません。聖ヨハネ騎士団の各言語のために建てられた8つの礼拝堂と、騎士団の守護聖人であるフィレルモスの聖母に捧げられた9つの礼拝堂から構成される大聖堂は、左右に雄弁な装飾が施されています。最後の礼拝堂には、騎士団が神聖視していたフィレルモスの聖母のイコンも置かれている。また、聖ヨハネ大聖堂には、聖ヨハネ騎士団の歴代総長の墓がある神秘的な地下聖堂があります