圣尼古拉教堂是柏林最古老的教堂。 教堂周围的地区被称为"尼古拉斯区"，是一个修复中世纪建筑的地区。 这座教堂建于1220年至1230年之间，因此，与不远处亚历山大广场的圣母教堂一起，是柏林最古老的教堂。
圣尼古拉斯教堂最初是一个罗马天主教会，在1539年勃兰登堡选民的新教改革后成为路德教会。 在17世纪，着名的赞美诗作家保罗*格哈特（Paul Gerhardt）是这座教堂的部长，作曲家约翰*克鲁格（Johann Crueger）是音乐总监。 着名的路德神学家教务长Philipp Jacob Spener是1691年至1705年的部长。 从1913年到1923年，圣尼古拉斯教堂的牧师是威廉*韦塞尔，他的儿子霍斯特*韦塞尔后来以纳粹而闻名：这家人住在附近的Jüdenstraße。
在1938年的宗教改革日，这座教堂最后一次为会众服务。 然后，这座建筑是柏林最古老的建筑，被政府放弃，用作音乐厅和教会博物馆。 由于内城日益加强的商品化，住宅楼宇被办公室和商店所取代，教区居民的数量减少了。 后来，会众与圣母教堂合并。
二战期间，由于盟军的轰炸，圣尼古拉斯教堂的塔顶和屋顶被大火烧毁。 1949年，所有的拱顶和北柱都倒塌了。 废墟在东柏林，直到1981年，东德民主共和国当局才批准重建教堂，使用旧的设计和计划。 今天看到的圣尼古拉斯教堂在很大程度上是重建。 今天，这座教堂再次主要作为博物馆，偶尔也作为音乐会场地，由柏林Stiftung Stadtmuseum（Landesmuseum für Kultur und Geschichte Berlins）管理。 它以其音响效果而闻名，重建后的教堂配备了一套精美的41个钟。
