从13世纪初开始，作为早期罗马式教堂的替代品，建筑继续在本世纪的其余时间以当地的Scheldt哥特式风格（以附近的河流命名）进行。 这种风格的典型特征是使用了图尔奈地区的蓝灰色石头，交叉路口上方的一座大塔，以及建筑角落的细长炮塔。
圣尼古拉斯教堂建于根特的旧贸易中心，毗邻繁华的Korenmarkt（小麦市场），深受其成员在附近开展业务的行会的欢迎。 行会有自己的小教堂，在14世纪和15世纪被添加到教堂的两侧。
中央塔楼部分由城市资助，作为观察哨，并承载着镇上的钟声，直到邻近的根特钟楼建成。 这两座塔楼与圣巴沃大教堂一起，仍然定义了市中心着名的中世纪天际线。 教堂的宝藏之一是它的风琴，由着名的法国风琴建造者Aristide Cavaillé-Coll制作。
几个世纪以来，这座建筑逐渐恶化，在某种程度上威胁到它的稳定性。 裂缝用石膏复盖，窗户被砖砌以加固墙壁，在18世纪，小房子和商店被建造在破旧的外墙上。 人们对教堂作为历史古迹的兴趣出现在1840年左右，并在20世纪之交出现了重大的修复计划。 教堂旁边的房屋被拆除，此后进行了许多翻新工程。
