13世紀に建てられ、船員の守護神である聖ニコラウスに捧げられたこの教会は、もともとは木造建築だった。13世紀の終わりには、石造りの教会を建てることが決定された。アウデ・ケルクは、当初はローマ式ホール教会で、この種の教会としてはオランダで最初のものであった。1306年、ユトレヒトのカトリック司教ガイ・ファン・アヴェスネス・ファン・ヘネグウェンによって教会は聖別され、その彫刻された墓は、現在もユトレヒトのドームで見ることができます。1340年、アウデ・ケルクは、当時3~4千人の人口を擁していた都市としては、驚くほど大きな建築物に拡張されました。1421年と1452年のアムステルダムの大火では、当時ほとんど木造であったアムステルダムの街が焼け落ちたが、アウデケルクは不思議なことに被害を受けなかった。14世紀から15世紀にかけて、この教会はアムステルダムの教区教会として使用され、街の急速な発展に伴い、アウデケルクは何度も再建と拡張を繰り返しました。1565年、アウデ・ケルクは鐘楼を手に入れ、それ以来、その建築はあまり変わっていない。