Το πραγματικό νωρίς κέντρο της Franciscanism, την Πορτσιούνκολα έγινε ένας από τους πιο σημαντικούς τόπους προσκυνητής, τόσο πολύ έτσι ώστε ο Πάπας πίος V, στο τέλος του Συμβουλίου, της Τρέντο, αποφάσισε να έχει αυτή τη μεγαλοπρεπή Βασιλική που χτίστηκε με στόχο να δώσει νέα ζωή του Friars Minor και επαρκή λήψη των πολλών πιστών που ήταν ήδη επισκέπτονται την Πορτσιούνκολα. Η εκκλησία έχει τρία κλίτη, με ένα μη προεξέχον εγκάρσιο κλίτος, διασταυρούμενο τρούλο και ημικυκλική αψίδα, σχεδιάστηκαν από τον Galeazzo Alessi. ολοκληρώθηκε το 1679 με την κατασκευή του καμπαναριού στα δεξιά, το οποίο θα έπρεπε να ταιριάζει με αυτό στα αριστερά, που καταλήγει ακριβώς πάνω από την οροφή του ναού .
Οι σεισμοί του 1832 προκάλεσαν την κατάρρευση του κεντρικού κλίτους μέχρι τον εγκάρσιο θόλο, τμήματα των πλευρικών και το πάνω μέρος της πρόσοψης, ενώ ο θόλος και η αψίδα σώθηκαν. Το επίκεντρο της Βασιλικής, δηλαδή το παρεκκλήσι του Porziuncola εμφανίζεται ως μια μικρή εκκλησία, ακριβώς κάτω από τον τρούλο. Στις αρχές του 13ου αιώνα η εκκλησία είχε εγκαταλειφθεί ανάμεσα στις βελανιδιές που ανήκαν στους Βενεδικτίνους μοναχούς του Subasio. Γύρω στο 1205, ο Φραγκίσκος ίδρυσε το σπίτι του εκεί, αποκατέστησε την εκκλησία και ίδρυσε το φραγκισκανικό Τάγμα. Οι πρώτες καλύβες για τους μοναχούς από πηλό και καλάμια χτίστηκαν γύρω από το Porziuncola. Αυτός ήταν ο τόπος όπου ο Άγιος Φραγκίσκος ζούσε πιο συχνά, όπου έδωσε στην Αγία Κλάρε τη θρησκευτική της συνήθεια (1212) και όπου κατείχε το κεφάλαιο των ΜΑΤ (1221), στο οποίο παρακολούθησαν περισσότεροι από 5000 μοναχοί. Η παράδοση αναφέρει ότι εδώ ο Άγιος Φραγκίσκος έλαβε πλήρη επιείκεια από την Παναγία. Το Porziuncola είναι μια πολύ απλή ορθογώνια κατασκευή, κατασκευασμένη από πολύχρωμη πέτρα από το Subasio. Το πάνω μέρος της πρόσοψης καλύπτεται από μια τοιχογραφία (Η χάρη της Ασίζης), από τον Friedrich Overbeck από το Lübeck (1829). Στη δεξιά πλευρά βρίσκονται τα ερείπια δύο τοιχογραφιών του δέκατου πέμπτου αιώνα με σιενέζικη επιρροή: η Μαντόνα και το παιδί μεταξύ του Αγίου Φραγκίσκου και του Αγίου Μπερναρντίν. Στο πίσω μέρος, είναι μια τοιχογραφία του Περούτζινο, Γολγοθά (το πάνω μέρος του οποίου έχει χαθεί). Το εσωτερικό (την πόρτα-ρόπτρα είναι από τον δέκατο πέμπτο αιώνα) έχει ένα σταυρό-τα σέλινα με θησαυροφυλάκιο, λίγο μαυρισμένο από τον καπνό οι λαμπτήρες στο βωμό, τον Ευαγγελισμό και ιστορίες της Συγχώρεσης, ένα μεγάλο πάνελ Ilario da Viterbo (1393), ο οποίος επίσης έκανε το νωπογραφίες λωρίδα στο υπόγειο με τους Ευαγγελιστές * από τον αριστερό τοίχο είναι μια τοιχογραφία της Imago Pietatis.
