Εγκαινιάστηκε το 2001 από τον Καρδινάλιο Carlo Maria Martini, στον οποίο στη συνέχεια ονομάστηκε το 2017, το μουσείο είναι το σημείο άφιξης ενός σημαντικού έργου στο οποίο μερικές από τις μεγαλύτερες προσωπικότητες των Αρχιεπισκόπων του Μιλάνου του εικοστού αιώνα έχουν δώσει την αποφασιστική συμβολή τους. Η προέλευσή του χρονολογείται από μια πρώτη διαίσθηση του Ευλογημένου Ildefonso Schuster το 1931, στη συνέχεια αναλήφθηκε από τον Καρδινάλιο Montini το 1960 που δείχνει ως έδρα του Νέου Μουσείου τις σκήτες του Sant'eustorgio, ένα από τα κεντρικά μέρη για την ιστορία του Χριστιανισμού του Αμβροσίου. Τέλος, ο Καρδινάλιος μαρτίνι, στη δεκαετία του ογδόντα, ανατέθηκε στο δύσκολο έργο της έναρξης των εργασιών ανακατασκευής των μοναστηριών, που υπέστησαν σοβαρές ζημιές από τον βομβαρδισμό του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου, που ανατέθηκαν στο στούντιο Belgiojoso.Το πρώτο Δομινικανό μοναστήρι στο Μιλάνο βρισκόταν εδώ, ξεκινώντας από τον δέκατο τρίτο αιώνα, και τα δύο μοναστήρια, όπου βρίσκεται το Μουσείο της Βασιλικής του Sant'eustorgio και το Επισκοπικό Μουσείο, είναι ό, τι απομένει από αυτό το αρχαίο μοναστήρι.
Η μόνιμη συλλογή του Επισκοπικού Μουσείου, που καταλαμβάνει το δεύτερο μοναστήρι, αποτελείται από περισσότερα από χίλια έργα μεταξύ του ΙΙ και του ΧΧΙ αιώνα. Από το γραφείο του Αρχιεπισκόπου ήρθαν οι συλλογές των Αρχιεπισκόπων του Μιλάνου (μέρος της συλλογής Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli και η πλήρης συλλογή Erba Odescalchi).
Εκτός από τα έργα ζωγραφικής από τις εκκλησίες της Μητρόπολης, το μουσείο διατηρεί μια σημαντική ομάδα έργων λειτουργικών επίπλων. Η συλλογή ολοκληρώνεται από το τμήμα αφιερωμένο στα χρυσά κεφάλαια (έργα του δέκατου τέταρτου και δέκατου πέμπτου αιώνα, κυρίως της Τοσκάνης, που συλλέχθηκαν από τον καθηγητή Alberto Crespi και δωρήθηκαν στο μουσείο), καθώς και γλυπτά και πίνακες ζωγραφικής από τη συλλογή της Caterina Marcenaro, σχέδια από τη συλλογή Sozzani και την πολύτιμη κληρονομιά Schubert.
Τέλος, σε έναν πρώτο πυρήνα γλυπτικών έργων του Lucio Fontana, προστέθηκαν πολυάριθμα έργα των ΧΧ και ΧΧΙ αιώνων, μια δήλωση αυξανόμενου ενδιαφέροντος του μουσείου για τη σύγχρονη εποχή.