Το πιο διάσημο μουσείο στο Turku είναι το Ναυτικό Μουσείο που βρίσκεται λίγο πριν το κάστρο, προς τις εκβολές του ποταμού Aura. Στεγάζεται σε έναν αρχαίο αχυρώνα, το Μουσείο αναφέρει τη ναυτική ιστορία του Τούρκου. Μερικά από τα πλοία που είναι αγκυροβολημένα κατά μήκος του ποταμού είναι μέρος του μουσείου: το posamine Keihässalmi, το Sigyn με τους τρεις ιστούς και το Suomen Joutsen, το φινλανδικό κύκνο, που χρησιμοποιήθηκε κατά τη διάρκεια του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου ως νοσοκομειακό πλοίο.