Начатое в начале 13 века как замена более ранней романской церкви, строительство продолжалось до конца столетия в местном стиле шельдской готики (названном в честь близлежащей реки). Типичным для этого стиля является использование серо-голубого камня из района Турне, единственной большой башни над перекрестком и стройных башенок по углам здания.
Церковь Святого Николая, построенная в старом торговом центре Гента рядом с оживленным Коренмарктом (Пшеничным рынком), пользовалась популярностью у гильдий, члены которых вели свой бизнес поблизости. У гильдий были свои собственные часовни, которые были пристроены к стенам церкви в 14 и 15 веках.
Центральная башня, которая частично финансировалась городом, служила наблюдательным пунктом и несла городские колокола, пока не была построена соседняя колокольня Гента. Эти две башни, наряду с собором Святого Баво, до сих пор определяют знаменитый средневековый силуэт центра города. Одним из сокровищ церкви является ее орган, изготовленный знаменитым французским органистом Аристидом Кавайе-Коллем.
На протяжении веков здание постепенно разрушалось до такой степени, что угрожало его стабильности. Трещины были залеплены штукатуркой, окна заложены кирпичом, чтобы укрепить стены, а в 18 веке на полуразрушенных фасадах были построены маленькие домики и магазины. Интерес к церкви как к историческому памятнику возник примерно в 1840 году, а на рубеже 20-го века появились крупные планы реставрации. Дома рядом с церковью были снесены, и с тех пор было проведено много ремонтных работ.
