למקורו של אמלפי אין עדויות רבות, אך כתובת "Descendit ex patribus romanorum" מאשרת כי הרומאים הם שהקימו אותה. האגדה מספרת שאמלפי הייתה נערה אהובה על ידי הרקולס, ולאחר מכן נקברה במקומות אלה על פי רצון האלים.הרומאים כנראה מצאו שם מקלט עקב הפלישות הגרמניות והלומברדיות, והעיירה שימשה כמעוז הגנה של הדוכסות הביזנטית של נאפולי. הודות למומחיותם של המומחים הימיים של אמלפי, הביזנטים שמרו על מערכת יחסים של שלום ושיתוף פעולה עם אנשי אמלפי.מהמאה ה-9 הפכה אמלפי לאחת מארבע הרפובליקות הימיות האיטלקיות, ונלחמה על העליונות על התנועה הימית של חצי האי יחד עם מתחרותיה ונציה, גנואה ופיזה.המצאת המצפן, המיוחסת לפלאביו ג'ויה, שהציג אותו ככלי התמצאות עבור מלחים במאה ה-13, היא חב לעיר אמלפי. עם זאת, על פי השחזורים האחרונים, זה לא היה פלביו, אלא ג'ובאני ג'ויה, שהמציא אותו וקידם את התפשטותו לאחר מכן בים התיכון.יכולתם המיוחדת של מלחי אמלפי תרמה לכינון יחסי שלום, בעיקר בתחום המסחרי, עם כל האוכלוסיות השכנות. החל משנת 596 הפכה אמלפי לבישופיות, ובשנת 839 היא השיגה אוטונומיה מנאפולי, ונשארה עם זאת טרף נחשק של נסיכי סלרנו, אשר היא הצליחה לעמוד בפניו בחוכמה, בעיקר בגלל שהיא פרחה ומתפתחת.השטח של אמלפי, לאחר שהושגה עצמאות, נשלט תחילה על ידי רוזן, שנבחר מעת לעת על ידי משפחות האצילים של המקום, ולאחר מכן, על ידי דוכס.במאה ה-9 חוותה אמלפי את הפאר המקסימלי שלה, גם הודות להרחבה הטריטוריאלית הגדולה: צ'טרה, פוזיטנו, קאפרי, לי גאלי, אבל גם הרי לטארי, עד גרגנאנו נכללו בדוכסות, שהצליחה להתבסס ולהתחרות. שלוש הרפובליקות הימיות האחרות. למרות היריבות עם פיזה, גנואה וונציה, הצליחה אמלפי להתבסס בים התיכון ולפתח תנועה משגשגת ומשגשגת, גם בזכות המושבות השונות שהציבה בערים הזרות החשובות ביותר.קוד החוק הימי, או Tavola Amalfitana (לחץ כאן לקריאת "פרק לטיני שטרם פורסם של Tavola di Amalfi"), שנשאר בתוקף באמלפי עד המאה ה-18, מתוארך לתקופה זו, ונשמר כיום ב- מוזיאון אזרחי. הודות לקוד ניתן היה לשחזר בפירוט את תפקודה והתקדמותה של חברת אמלפי.החל משנת 1039 אמלפי הייתה זירת הניגודים והשינויים: באותה שנה, למעשה, כבש אותה נסיך סלרנו גואימרו החמישי. אך לאחר שליטה קצרה עברה אמלפי לרוברטו איל גוויסקרדו, שהתפשטה בדרום איטליה, ושאי אפשר היה להתנגד לה מחוסר כוחות מספיקים. מרינו סבסט, הדוכס האחרון של אמלפי, הודח. אך לאחר מספר חודשים נוצרה ליגה בראשות האפיפיור, בה השתתפה גם פיזה: בדרך זו, מתוך הצדקה לעצור את גויסקארדו, ניצלו הפיזאנים את ההזדמנות להשתלט על חוף סלרנו. לאחר שנתיים של אלימות וביזה, אמלפי, שהצטמצמה עתה לנחלה, ננטשה והושארה לגורלה, הרחק מפאר העבר.לאחר מאבקים פנימיים שונים, שהחלישו אותה עוד יותר, היא נכבשה על ידי הנורמנים מרוג'ירו השני, בשנת 1131. המלך פעל להבטיח שהפעילות המסחרית של אמלפי תחזור להיות משגשגת, ועודד מאוד את התפתחותה של העיירה, אשר, לאחר התאוששות חלשה, המשיך להיות אחד ממקורות הפרנסה העיקריים של כלכלת הדרום.בשנת 1135 צי האמלפי, שהתחייב לשמור על הסרסנים במרחק ראוי, הופתע על ידי הפיזאנים, שניצלו את ההזדמנות כדי לפלוש אליו ולהעלות אותו באש ובחרב.אבל השקיעה של אמלפי כבר החלה עם מדיניות הנורמנים, שבשל סגירתם כלפי האוכלוסיות הביזנטית והמוסלמיות חסמו חלק גדול מהתנועה המסחרית.לאורך כל ימי הביניים, אמלפי עדיין שמרה על חשיבות מסוימת לתעבורה הימית של דרום איטליה, מבלי להיפתח למדינות הים התיכון העיקריות, ובכך לצמצם באופן ניכר את הכנסתה. בתקופה זו נהנתה העיירה סלרנו גם מצי עוצמתי ומאורגן היטב: מצד אחד צי הסוחר, המועיל למסחר, מצד שני הצי הצבאי, שהתבלט מעל הכל בקרבות נגד הערבים. אנו זוכרים במיוחד את קרב אוסטיה בשנת 849, כאשר הצי המוסלמי, שהיה מוכן לפלוש ולבזוז את רומא, הופסק הודות להתערבותם של אנשי אמלפי.דווקא באמלפי עדיין נשמרים שרידי ארסנל מימי הביניים, ייחודי מסוגו בדרום איטליה: המבנה, ששרד עד היום עם שני נתיבים ושנים-עשר עמודים, מתוארך למאה ה-11, אך סימני הכי הרבה שחזורים חשובים, שבוצעו בשנים 1240 ו- 1272. הארסנל שימש בעיקר לבניית ספינות מלחמה, שכן ספינות סוחר נבנו ישירות על החופים. הארסנל נשאר בפעילות עד אמצע המאה ה-14: בשנת 1343, למעשה, לאחר סערת רוחות מדרום-דרום, המבנה היה שקוע לחלוטין עקב מפולת תת-מימית.בין סוף המאה ה-13 לתחילת המאה ה-14, עברה אמלפי משליטה אחת לאחרת, מהסנסוורינוס, אל הקולונה, לאחר מכן אל האורסיניס ולאחר מכן אל הפיקולומיניס.במאה החמש עשרה השליטה האראגונית תרמה עוד יותר לדעיכתה של העיירה, לקחה מאמלפי חלק גדול מהתנועה הימית המסחרית, והותירה אותה במקום זאת למלחים הקטלונים. מכאן החלה ירידה איטית אך בלתי נמנעת, שהגיעה לשיאה במגפה ב-1643, שצמצמה את אוכלוסיית החוף בשליש, והגדילה עוד יותר את מצב העוני שלה. משפחות האצילים הבודדות שנותרו עברו לנאפולי, ואמלפי נותרה כמעט בלתי מיושבת.אולם במאה ה-18 החלו להתפתח כמה פעילויות מלאכה, כמו נפחים, עובדי אלמוגים, שענים ומה שנקרא "סנטרלארי", או זייפני ציפורניים.בשנת 1800 אמלפי חוותה מעין רנסנס: בשנת 1807, למעשה, ג'וזפה בונפרטה, שנסע לבקר בחוף אמלפי, זיהה את יופיו הבלתי יסולא בפז, והחליט להורות על סלילת כביש המקשר בין נאפולי לחוף.העבודות, שהמשיכו על ידי ג'ואצ'ינו מוראט, הסתיימו ב-1854, כאשר הכביש נחנך. כאן מצא אריק איבסן את ההשראה לסיים את "בית הבובות" שלו.במחצית השנייה של המאה ה-20, עם הפריחה הכלכלית ששטפה את חצי האי האיטלקי, הפכו אמלפי יחד עם נאפולי והאי קאפרי ליעדי תיירות ידועים.