המקדש מוקדש לדמות של סנטה מרגריטה, פטרונית של cortona ו שלישוני הפרנציסקני, ואת הפעילות התרבותית והרוחנית שלאחר מכן של הפרנציסקנים התבוננות. עם מותו של הקדוש (22 בפברואר 1297) הוחלט לבנות כנסייה לכבודה, ליד הכנסייה העתיקה של סן בסיליו שמרגריטה עצמה החזירה לאחר שבחרה בה כמקום של כפרה ותפילה. בשנת 1304 הבניין הקדוש כבר נבנה, אבל הוא המשיך להיות מקושט עם ציורי קיר חשובים לאורך המאה הארבע עשרה. רק כמה קטעים של מחזור ציור הקיר הזה הגיעו אלינו במוזיאון הדיוקסיה, אבל ראיות לכך נשמרות בקוד של המאה השבע עשרה כי מסמכים עם עשרים ואחד סצנות בצבעי מים ציורי הקיר אבדו בשנת 1653 כאשר, בשל מצב השימור העני שלהם, הם נשטפו. הניתוח של השברים ששרדו מוביל לתאריך אותם סביב 1335 ולייחוס אותם לסדנה של אחד או שני האחים לורנצטי. ב-1385 הכנסייה הופקדה בידי הנזירים של אוליבטן, והוחלפה ב-1389 על ידי קטינים שומרי מצוות שעדיין מטפלים בה ומברכים את המבקרים. באוגוסט 1927 הוענקה לבזיליקה מזערית כבוד.
