המוזיאון הארכיאולוגי הלאומי של נפולי הוא בין העתיקים והחשובים בעולם לעושר ולייחודיות המורשת שלו ולתרומה לסצנה התרבותית האירופית. מקורם והיווצרותם של האוספים מקושרים לדמות של שארל השלישי מבורבון, על כס המלוכה של ממלכת נאפולי משנת 1734, והמדיניות התרבותית שלה: המלך קידם את חקר הערים וסוביאן שנקברו על ידי ההתפרצות של 79 די.סי (החל בשנת 1738 בהרקולניאום וב-1748 באלילילילי), ופיקח על הבנייה של העיר בהתפרצות של פרומטה (Parma).
בשל בנו, פרדיננדו הרביעי, התוכנית להתאגד בבניין הנוכחי, שנבנתה בסוף 1500 כאשר יעדו של קוואלריזה ומשנת 1616 עד 1777 מושב האוניברסיטה, שני הגרעינים של אוסף פארנסה ואוסף החפצים של הרקולניזה הוצגו כבר בארמון פורטציאום.
משנת 1777 הבניין הושפע משלב ארוך של שיפוצים ופרויקטי התרחבות, שהופקדו בידי האדריכלים פוגה ופ. שינטארלי. בעשור של שליטה צרפתית (1806-1815) התקנים הראשונים נעשו עם שובם של הבורבונים לנאפולי ב-1816 נקראו בשם Museo Borbonico האמיתי. הרתה כמוזיאון אוניברסלי, היא הכילה מוסדות ומעבדות (הספרייה המלכותית, האקדמיה לציור, בית המלאכה של פפירי...בשנת 1957 הועברה למקום אחר.
האוסף של המוזיאון, שהפך לאומי בשנת 1860, הועשר ברכישת ממצאים מחפירות באתרי קמפניה ובדרום איטליה ואוסף פרטי. ההעברה של ה-Pinacoteca ל-Capodimonte ב-1957 קובעת את הפיזיונומיה הנוכחית של המוזיאון הארכאולוגי. היא מכילה אוספים יקרים וממצאים ארכיאולוגיים המכובדים בין השנים הפרהיסטוריות והשעות המאוחרות של ימינו בהן נוספו מספר רב של אוספים היסטוריים, כולל אלו של משפחת פארנסה, הבורג ' ה ואוסף מצרים העתיקה.
