החל בתחילת המאה ה -13 כתחליף לכנסייה רומנסקית קודמת, הבנייה נמשכה בשאר המאה בסגנון גותי שלד מקומי (על שם הנהר הסמוך). אופייני לסגנון זה הוא השימוש באבן כחולה-אפורה מאזור טורנאי, המגדל הגדול היחיד מעל המעבר והצריחים הדקים בפינות הבניין.
נבנה במרכז הסחר הישן של גנט ליד ההומה קורנמרקט (שוק החיטה), כנסיית סנט ניקולס הייתה פופולרית בקרב הגילדות שחבריהן ביצעו את עסקיהם בקרבת מקום. לגילדות היו קפלות משלהן שנוספו לצידי הכנסייה במאות ה -14 וה -15.
המגדל המרכזי, שמומן בחלקו על ידי העיר, שימש כמוצב תצפית ונשא את פעמוני העיר עד השכן מִגדָל פַּעֲמוֹן שֶׁל גנט נבנה. שני המגדלים הללו, יחד עם קתדרלת סנט באבו, עדיין מגדירים את קו הרקיע המפורסם מימי הביניים של מרכז העיר. אחד מאוצרות הכנסייה הוא העוגב שלה, המיוצר על ידי בונה העוגבים הצרפתי המפורסם אריסטיד קאוויל ת ' ו-קול.
הבניין התדרדר בהדרגה במשך מאות שנים, במידה שאיימה על יציבותו. סדקים היו מכוסים בטיח, חלונות היו לבנים כדי לחזק את הקירות, ובמאה ה -18 נבנו בתים וחנויות קטנות על חזיתות רעועות. העניין בכנסייה כאנדרטה היסטורית התעורר בסביבות 1840, ובתחילת המאה ה -20 צצו תוכניות שיקום גדולות. הבתים לצד הכנסייה נהרסו ומאז בוצעו עבודות שיפוץ רבות.
