A Cripta de San Magno foi construída pelo bispo Pietro da Salerno ao mesmo tempo que a Catedral entre 1072 e 1104. Era para servir como um baú de tesouro para a preservação de tudo o que uma catedral tem o mais sagrado: as relíquias dos Santos. A sala tem três corredores em relação aos da igreja superior e três absides. As doze colunas identificam vinte e uma vezes que, com suas respectivas paredes, são decoradas por um ciclo pictórico de beleza excepcional que conta a história da salvação do homem, desde a sua criação até o fim dos tempos. Os afrescos são atribuídos a três oficinas de artistas anônimos conhecidos como primeiro mestre de Anagni ou mestre de traduções, segundo mestre de Anagni ou mestre Ornatista e terceiro mestre de Anagni. Por razões estilísticas e históricas, os afrescos da Cripta são colocados entre o final do século XII e a primeira metade do século XIII.
