L'abbaye de Farfa est l'un des monuments les plus éminents du Moyen Âge européen ; elle a bénéficié du patronage de Charlemagne et possédait, au sommet de sa splendeur, une vaste portion de l'Italie centrale. L'origine de l'abbaye est encore incertaine, bien que les fouilles archéologiques les plus récentes menées par le professeur David Whitehouse, directeur de l'école britannique de Rome, aient confirmé l'existence d'un complexe de l'époque romaine sous l'abbaye actuelle. L'identification presque certaine de Lorenzo Siro avec l'évêque de Forum Novum (Vescovio) en 554 confirmerait la création d'un centre fervent de foi et de richesse au Ve siècle. À l'époque de l'invasion lombarde, il y avait une basilique et quelques bâtiments monastiques. Selon une légende, dans les vingt dernières années du VIIe siècle, Thomas de Moriana (ou Morienna), qui vivait à Jérusalem, suite à une vision de la Vierge Marie, poussa à rechercher les restes d'une basilique qui lui était dédiée à Sabina, dans un dit Acutien, reconstruisit l'œuvre bâtie par l'évêque Siro et donna lieu à une refondation de la communauté. Au début du 8e siècle, le monastère a bénéficié de la protection du duc de Spoleto Faroaldo II.
Farfa était donc une abbaye impériale, libre de tout contrôle papal mais très proche du Saint-Siège. En quelques décennies, elle est devenue l'un des centres les plus connus et les plus prestigieux de l'Europe médiévale ; Charlemagne lui-même, quelques semaines avant d'être couronné au Capitole, a visité l'abbaye et y a séjourné. En 999, la réforme née à Cluny est introduite. Avec Bérard Ier (1047 - 1089), Farfa reprend les caractéristiques d'une abbaye impériale et, dans la lutte pour l'investiture, elle prend parti contre les papes et en faveur d'Henri IV, ce qui fait qu'en 1097, les moines décident, pour des raisons de sécurité, de déplacer le complexe abbatial sur la montagne acutienne en surplomb, où sont encore visibles aujourd'hui les ruines imposantes de l'œuvre commencée mais jamais terminée. Cependant, le déclin définitif commence peu après : le Concordat de Worms (1122) marque le passage du monastère sous l'autorité papale ; avec l'abbé Adenolfo (1125), la soumission totale est officiellement sanctionnée.
En 1798, Farfa a été pillée par les Français et, en 1861, confisquée par l'État italien. Depuis 1921, l'abbaye appartient à la communauté bénédictine de Saint-Paul-hors-les-Murs. Un portail roman du 14e siècle (avec des ajouts gothiques) mène à une cour, avec en toile de fond l'église abbatiale consacrée à la Vierge, datant de la seconde moitié du 15e siècle. Notez au-dessus du portail roman, dans la lunette, une fresque du XVe siècle. Des fragments de sarcophages paléochrétiens peuvent être discernés dans les murs de l'église. L'intérieur de la basilique comporte une nef et deux nefs divisées par deux rangées d'élégantes colonnes ioniques. Sur le mur du fond se trouve une grande huile sur mur représentant le Jugement dernier, peinte en 1561 par le peintre flamand Henrik van der Broek. Des fresques des XVIe et XVIIe siècles représentant des histoires de la Vierge, des saints et des récits bibliques décorent l'abside et les petites nefs. Dans la première chapelle à droite, on remarque une Crucifixion (copie de Francesco Trevisani), dans la seconde une Vierge à l'Enfant et deux anges connue sous le nom de Madonna di Farfa, un panneau vénéré du XIIIe siècle, recouvert (au XIXe siècle) d'une feuille de laiton gaufré qui ne laisse que les visages visibles. Près de la porte de la basilique, dans le transept et dans l'abside, d'intéressants vestiges ont été mis au jour : un autel de l'époque carolingienne et un pan de mur décoré à fresque de l'image d'un abbé (le fameux Arcosollo di Altperto), que le professeur Whitehouse, en lisant attentivement les traces écrites qui subsistent, a récemment identifié comme étant Saint Laurent Siro. Dans les trois chapelles de la nef de gauche, Orazio Gentileschi et ses élèves ont travaillé. Les trois toiles représentant Sainte Ursule (chapelle I), la Vierge à l'Enfant (chapelle II) et la Crucifixion de Saint Pierre (chapelle III) sont en effet du maître, tandis que les fresques décorant l'intérieur des chapelles et représentant des épisodes de l'histoire sainte sont de ses élèves. Dans le transept, le sol original de la première moitié du 9ème siècle est partiellement visible. Dans la chapelle gauche du transept, on remarque les images sévères des fondateurs de l'abbaye de Farfa : saint Thomas de Morienna et saint Laurence Siro. Sur le plafond du transept et dans le chœur, il faut observer attentivement les grotesques inhabituelles (pour un lieu sacré) de l'école Zuccari. Le chœur en bois de l'abside date du début du XVIIe siècle. Avant de quitter l'église, en levant les yeux, on peut admirer le plafond à caissons de 1494 avec les armoiries des Orsini dans un panneau au centre de la nef. Il faut également visiter la crypte semi-circulaire des VIIe-VIIIe siècles, dans l'atrium de laquelle se trouve un beau sarcophage romain (fin du IIe siècle après J.-C.) avec une scène de bataille entre Romains et Barbares, et le clocher (IXe-XIIIe siècles), à la base duquel, dans une chambre carrée, on peut voir, bien qu'elles aient disparu, de très intéressantes fresques de l'école romaine du milieu du XIe siècle, représentant des histoires bibliques et l'Ascension. En montant dans les salles supérieures, dans l'une d'elles, décorée de fresques en sottareo, se trouvent des Prophètes peints au XVe siècle.
La visite de l'abbaye peut être complétée en demandant à être accompagné au Chiostrino Longobardo (avec une fenêtre romane à meneaux du XIIIe siècle) et au Chiostro grande (grand cloître) datant de la seconde moitié du XVIIe siècle, où sont rassemblées des sculptures et des épigraphes romaines ; de là, à travers un portail à pointe de diamant, on passe dans l'actuelle bibliothèque de plus de 45 000 volumes, où se trouvent de précieux codex.