Alimini Grande is ontstaan door voortdurende erosie van de zee, en strekt zich uit over een lengte van ongeveer 2,5 km en heeft een diepte van ongeveer 4 meter.Het bekken van Alimini Grande is bijna volledig omgeven door een rotsachtige strook, rijkelijk begroeid met dichte dennenbossen en mediterraan struikgewas. Het noordelijke gedeelte, genaamd Palude Traguano, is bijna laag en zanderig; hier bevinden zich talrijke bronnen, waaronder de belangrijkste, genaamd Zudrea, die samen met de zee het meer voedt. Het zoutgehalte van het meer is bijna even hoog als dat van de zee, omdat de zee erin uitmondt. De bodem van het meer is rijk aan weekdieren en een groot deel van de zeebodem is rijk aan Ruppia maritima.Alimini Piccolo ontstaat door talrijke zoetwaterbronnen, en wordt ook Fontanelle genoemd. Het strekt zich uit over een lengte van ongeveer 2 km en de diepte bedraagt niet meer dan anderhalve meter. Het meer, met lage, vlakke oevers, wordt gevoed door het waterpeil van het kanaal Rio Grande, dat op zijn beurt wordt gegenereerd door de talrijke bronnen in de nabijgelegen Serra di Montevergine. Het water van het meer is bijna altijd zoet, maar tijdens het zomerseizoen heeft het meer door de verdamping de neiging zout te worden.De vegetatie rond de twee waterbekkens is zeer rijk en er zijn verschillende plantensoorten te bewonderen, waaronder de zeer zeldzame moerasorchidee, de waterkastanje, een in Italië bedreigde soort, bestaande uit grote vruchten die op kastanjes lijken, en het blaasjeskruid, een vleesetende plant met kleine kammen die, zodra ze door insecten worden aangeraakt, blazen openen die de prooi naar binnen zuigen.Het vogelleven in het reservaat is zeer rijk, bestaande uit trekvogels zoals de witte ooievaar, de flamingo, kraanvogels en wilde ganzen, alsmede enkele groepen zwanen. Andere watervogels zijn wilde eenden, futen, zomertalingen, meerkoeten, lepelaars, waterhoentjes en steltlopers. Roofvogels zoals kiekendieven en bruine kiekendieven, torenvalken, wouwen, slechtvalken, buizerds en keizerarenden komen ook voor. Er zijn ook nachtelijke roofvogels zoals oehoes, bosuilen, uilen en kerkuilen.In de bossen rond de meren zijn vinken, lijsters, spreeuwen, merels, winterkoninkjes, nachtegalen en spechten, fazanten en kwartels te vinden. In de meren leven ook talrijke reptielen, zoals de water- en landschildpad, waterslangen, de cervelaat, de gewone adder en de luipaardkolibrie. Zeer algemeen zijn kikkers, salamanders en de Italiaanse watersalamander.De meest voorkomende zoogdieren zijn die welke meer typisch zijn voor het mediterrane biotoop, zoals knaagdieren zoals eekhoorns, veldmuizen, relmuizen, wilde konijnen en de relmuis, het grote stekelvarken, dassen, wezels, beukenmarters, bunzingen, egels, fretten en grote wilde zwijnen.De eerste zekere informatie over de meren dateert van 1219, toen keizer Frederik II in een officiële akte het derde deel ervan toewees aan de aartsbisschoppelijke kantine van de stad Hydruntina. In de Middeleeuwen bloeide dit gebied met steden, dorpen, gehuchten en Basiliaanse kloosters, maar de invasie van de Turken in 1480 zorgde ervoor dat dit prachtige gebied van de Salento werd verlaten. De kolonisten zochten hun toevlucht in nabijgelegen dorpen, beschermd door muren en versterkte kastelen.De heropleving van de economische belangstelling voor het Alimini gebied vond plaats in de 18e eeuw, een periode waarin verschillende juridische geschillen over eigendomsrechten ontstonden. Tussen 1600 en 1800 was het gebruikelijk om de meren te pachten voor wijnbouw en rietsnijden. In 1738 verhuurde de vorst van Muro, Giovanni Battista Protonobilissimo, het grote meer voor twee jaar aan Emanuele Martina, "een openbaar koopman in de stad Lecce, met alle individuele jussi, rechten, opbrengsten en redenen voor de visvangst van dit meer, ten bedrage van 200 dukaten per jaar" ("Platea"). Van alle inkomsten was het derde deel verschuldigd aan de aartsbisschoppelijke kantine van Otranto.Uit een "Platea" van 1787 blijkt dat de monding van de rivier, waardoor de meren met de zee in verbinding stonden, "tegen eind april of begin mei openging en dan begon de vis binnen te komen; en dat ging zo door tot hij in augustus of juli weer sloot. En dan werd er gevist; er werden verschillende soorten vis gevangen, zoals harder, doornhaai, paling en andere soorten vis, allemaal van beroemde kwaliteit".In 1886, na de opheffing van de kerkelijke bezittingen, ging het derde deel van de vijvers, eigendom van de Aartsbisschoppelijke Kantine, over op de Staat. Ook de overige twee derden werden overgenomen door de Staat, die de wateren in particuliere verkaveling gaf met exclusieve visrechten, voor maximaal 99 jaar. In 1800 was het platteland rond de meren desolaat en verstoken van vegetatie. Er waren slechts enkele boerderijen, waarvan sommige het grootste deel van het jaar onbewoond waren vanwege de schadelijke lucht die door de moerassen werd geproduceerd. In dit gebied was het risico om malaria op te lopen zeer groot in de zomer, wanneer de moerasgebieden opdroogden. De dapperste boeren trokken in de winter naar hun velden om te ploegen en te zaaien, en keerden er terug tijdens de oogst en het dorsen. De angst voor besmetting was altijd aanwezig en daarom probeerden ze het werk zo snel mogelijk af te maken. In bepaalde periodes van het jaar, en met weinig winst, werd het land rond de stuwmeren gebruikt om het vee te laten grazen.