Alimini Grande er opstået ved kontinuerlig erosion af havet og strækker sig ca. 2,5 km i længden og har en dybde på ca. 4 meter.Alimini Grande-bækkenet er næsten helt omgivet af en klippestrand, der er rigt dækket af tætte fyrreskove og middelhavskrat. Den nordlige del, kaldet Palude Traguano, er næsten lavtliggende og sandet; her er der mange kilder, herunder den vigtigste, Zudrea, som sammen med havet forsyner søen med vand. Søens saltindhold er næsten lige så højt som havets, fordi havet løber ind i den. Søbunden er rig på bløddyr, og en stor del af havbunden er rig på Ruppia maritima.Alimini Piccolo dannes af talrige ferskvandskilder og kaldes også Fontanelle. Den strækker sig over ca. 2 km i længden og har en dybde på højst halvanden meter. Søen, som har lave og flade bredder, får sin næring fra Rio Grande-kanalens grundvandsspejl, som igen kommer fra de mange kilder i den nærliggende Serra di Montevergine. Søens vand er næsten altid fersk, men i sommersæsonen har søen tendens til at blive saltholdig på grund af fordampningen.Vegetationen omkring de to vandbassiner er meget rig, og man kan beundre forskellige plantearter, bl.a. den yderst sjældne sumporkidé, vandkastanjen, en truet art i Italien, der består af store frugter, der ligner kastanjer, og blærebladet, en kødædende plante med små kamme, der, så snart de berøres af insekter, åbner blærer, der suger byttet ind i dem.Fuglelivet i reservatet er meget rigt og består af trækfuglearter som den hvide stork, flamingo, traner og vildgæs samt nogle grupper af svaner. Andre vandfugle omfatter gråænder, lappedykkere, knarand, blishøns, skeand, hedehøns og sortvingede stilter. Der findes også rovfuglearter som hønse- og rørhøg, tårnfalk, tornskade, milan, vandrefalke, musvåge og kejserørn. Der findes også nataktive rovfugle som f.eks. ørneugler, ugler, ugler og kirkeugler.I skovene omkring søerne er det muligt at finde finker, drosler, stære, solsorte, morkler, sanger, nattergale og spætter, fasaner og vagtler. Søerne er også hjemsted for mange krybdyr, f.eks. vand- og landskildpadder, vandslanger, cervone, hugorm og leopardcoluber. Meget almindelige er padder, som ofte når en betydelig størrelse takket være den store mængde føde, frøer, salamandre og den italienske vandsalamander.De mest almindelige pattedyr er dem, der er mere typiske for middelhavsbiomet, såsom gnavere som egern, markmus, markmus, hasselmus, hasselmus, vildkaniner og hasselmus, det store pindsvin, grævling, væsel, bøggemorse, ilder, pindsvin, ilder og store vildsvin.De første sikre oplysninger om søerne stammer fra 1219, da kejser Frederik II i et officielt dokument tildelte den tredje del af dem til ærkebiskoppens kantine i byen Hydruntina. I middelalderen blomstrede dette område med byer, landsbyer, landsbyer og basilianske klostre, men tyrkernes invasion i 1480 fik dette smukke område i Salento til at forlade det. Faktisk søgte bosætterne tilflugt i de nærliggende landsbyer, der var beskyttet af mure og befæstede borge.Den økonomiske interesse for Alimini-området genopstod i det 18. århundrede, en periode, hvor forskellige juridiske tvister om ejendomsrettigheder begyndte. Mellem 1600 og 1800 var det almindeligt at leje søerne til vindyrkning og rørskæring. I 1738 udlejede fyrsten af Muro, Giovanni Battista Protonobilissimo, den store sø i to år til Emanuele Martina, "en offentlig købmand i byen Lecce, med alle individuelle jussi, rettigheder, indtægter og grunde til fiskeriet i denne sø, til en pris af 200 dukater om året" ("Platea"). Af alle indtægterne tilfaldt en tredjedel til ærkebiskoppens kantine i Otranto.En "Platea" fra 1787 viser, at flodmundingen, hvorigennem søerne stod i forbindelse med havet, "plejede at åbne sig i slutningen af april eller begyndelsen af maj, og så begyndte fiskene at komme ind, og det fortsatte, indtil den lukkede sig igen i august eller juli. Og så blev der fisket; der blev fanget flere slags fisk, såsom multe, pighaj, ål og andre slags fisk, alle af berømt kvalitet".I 1886 overgik den tredje del af dammene, der tilhørte ærkebiskoppens kantine, til staten efter ophævelsen af den kirkelige ejendom. De resterende to tredjedele blev også overtaget af staten, som tildelte vandene i privat tildeling med eneret til at fiske i højst 99 år. I 1800 var landskabet omkring søerne øde og vegetationsløst. Der fandtes kun nogle få gårde, hvoraf nogle var ubeboede det meste af året på grund af den skadelige luft, der blev produceret af sumpen. I dette område var risikoen for at blive smittet med malaria meget stor om sommeren, når sumpområderne tørrede ud. De mest modige landmænd gik ud på deres marker om vinteren for at pløje og så og vendte tilbage ved høsttid og tærsketid. Frygten for smitte var altid til stede, og derfor forsøgte de at afslutte arbejdet så hurtigt som muligt. På visse tidspunkter af året blev jorden omkring vandreservoirerne brugt til græsning af kvæg, hvilket ikke gav noget udbytte.