Ime Muzeja Allard Pierson potječe od prvog profesora klasične arheologije na Univerzitetu u Amsterdamu, Allarda Pierson (1831-1896). Ovaj bivši sveštenik pozvan je 1877.godine da zauzme katedru za estetiku, istoriju umetnosti i moderne jezike na novoosnovanom Univerzitetu. Njegova strast prema antici, podstaknuta putovanjima u mediteransko područje, dovela je do njegovog sastavljanja kolekcije gipsanih od 1877.do 1895. godine.
Drugi profesor arheologije na Univerzitetu u Amsterdamu, Jan Six, imao je veliku ličnu kolekciju knjiga i antičkih predmeta. Nakon njegove smrti 1926. godine, Univerzitet je imao interes za sticanje svoje kolekcije. 1932.godine Pierson-ov sin Jan Lodewijk osnovao je Fondaciju Allard Pierson kako bi kolekcija antikviteta bila dostupna za istraživanje i nastavu. Kolekcija je doveden u zgradu na Weesperzijde u Amsterdamu, sa gornjem spratu služi kao muzej.
Kolekcija je rasla zbog kupovine, poklona i kredita artefakata i dokumenata. 12. novembra 1934. godine, Allard Pierson Muzej je službeno otvoren u zgradi u Sarphatistraat 129-131 (ugao Roeterstraat). Muzej je na kraju prerastao svoju zgradu. Nova zgrada postala je dostupna kada je Nederlandse banka napustila svoju kancelariju u Oude Turfmarktu 1976.godine. H. R. H. princeza Beatrix prisustvovala je ponovnom otvaranju muzeja 6. oktobra 1976.
Muzej ima zbirke povezane sa drevnim civilizacijama Egipta, Bliskog Istoka, grčkog svijeta, Etrurije i Rimskog Carstva. Zbirke uključuju umjetničke predmete i pribor koji datiraju od 4000.godine prije nove ere do 500. godine nove ere. Postoje i makete drevnih hramova i zgrada. Na izložbi Drevnog Egipta nalazi se soba posvećena smrti, sa mumijama, sarkofazima i filmom koji prikazuje proces mumifikacije. Potkrovlje od gipsa, koje treba posjetiti samo s vodičem, prikazuje kopije rimskih i grčkih statua. Zbirka Grčke keramike muzeja sadrži primjere crne figure i keramike crvene figure proizvedene u petom i šestom veku pre nove ere. Izložena je i zbirka rimskih sarkofaga, uključujući rijedak drveni lijes od oko 150.godine nove ere koji je dijelom isklesan u obliku čovjeka u njemu.
