Произходът на града е забулен в различни легенди, най-известните от които са свързани с фигурите на Алтея и Алтело. Според първата легенда градът е кръстен на Алтея, кралицата на мирмидонците, която пристига тук, след като бяга от родината си. Друга легенда го свързва с Антело, герой от Троя и спътник на Еней: след като избягал от град Троя, Еней продължил към Лациум, а Антело спрял в Апулия и построил града "Алтер Илиум", което означава "Другата Троя". В исторически план обаче името на града идва от мегалитните стени ("alta-mura"). Още през бронзовата епоха в района има селища, но едва през Средновековието градът придобива значение благодарение на Фридрих II Швабски. След това градът е бил ленен на различни благороднически фамилии, които през вековете винаги са се стремели към свобода: в действителност той успява да се управлява сам, без да е подчинен на Арагонес; когато идват Бурбоните, гражданите се обединяват в така наречената революция в Алтамура (след два дни градът трябва да се предаде); по време на Рисорджименто тук се намира седалището на Бареския въстанически комитет. Благодарение на тези епизоди Алтамура с право е наричан "Лъвицата на Апулия".Историческият център е известен с идеално кръглата си форма, но най-вече с манастирите си, които са огледало на смесицата от няколко култури, характерни за града през историческите периоди. Катедралата "architectural unicum" датира от 1232 г. и е построена по поръчка на Фридрих II Швабски.
