Linna päritolu ümbritsevad mitmesugused legendid, millest tuntuimad on seotud Althea ja Altello tegelastega. Esimese legendi kohaselt sai linn oma nime mürmidoonide kuninganna Althea järgi, kes tuli siia pärast oma kodumaalt põgenemist. Teise müüdi järgi on see seotud Trooja kangelase ja Aenease kaaslasega Anthelloga: Aeneas põgenes Trooja linnast edasi Latiumisse, Anthello aga peatus Apuulias ja ehitas linna "Alter Ilium", mis tähendab "Teist Trooja". Ajalooliselt on linn saanud oma nime aga megaliitidest müüride järgi ("alta-mura"). Juba pronksiajal oli selles piirkonnas mõned asulad, kuid alles keskajal saavutas linn tänu Friedrich II Švaabiale tähtsuse. Seejärel oli linn erinevate aadliperekondade pärusmaa, mis püüdis sajandite jooksul alati vabaduse poole: tegelikult suutis ta end ise valitseda, ilma et oleks Aragoniale allunud; kui Bourbonid saabusid, ühinesid elanikud nn Altamura revolutsiooni käigus (linn pidi siis kahe päeva pärast alistuma); Risorgimento ajal oli see Barese mässukomitee asukoht. Tänu nendele episoodidele nimetatakse Altamurat õigustatult "Apuulia lõviroosaks".Ajalooline keskus on kuulus oma täiusliku ringikuju poolest, kuid eelkõige oma kloostrite poolest, mis peegeldavad mitmete kultuuride segunemist, mis on linna ajalooliste perioodide jooksul iseloomustanud. Katedraali "arhitektuuriline unicum" pärineb 1232. aastast ja selle tellis Friedrich II Švaabimaa.
