Es gibt nur wenige Hinweise auf den Ursprung Amalfis, aber eine Inschrift "Descendit ex patribus romanorum" bestätigt, dass die Römer die Stadt gegründet haben. Die Legende besagt, dass Amalfi eine von Herkules geliebte Jungfrau war, die hier nach dem Willen der Götter begraben wurde.
Die Römer flüchteten hierher, wahrscheinlich wegen der germanischen und langobardischen Invasionen, und die Stadt diente als Verteidigungsfestung des byzantinischen Herzogtums Neapel. Dank des Geschicks der maritimen Experten von Amalfi konnten die Byzantiner eine Beziehung des Friedens und der Zusammenarbeit mit den Amalfitanern aufrechterhalten.
Ab dem 9. Jahrhundert wurde Amalfi zu einer der vier Seerepubliken Italiens und konkurrierte mit den Rivalen Venedig, Genua und Pisa um die Vorherrschaft im Seeverkehr auf der Halbinsel. Der Stadt Amalfi wird die Erfindung des Kompasses zugeschrieben, die Flavio Gioia zugeschrieben wird, der ihn als Orientierungshilfe für Seeleute im 13. Jüngsten Rekonstruktionen zufolge war es jedoch nicht Flavio, sondern Giovanni Gioia, der ihn erfand und seine anschließende Verbreitung im Mittelmeerraum vorantrieb.
Die besonderen Fähigkeiten der amalfitanischen Seeleute trugen dazu bei, dass mit allen Nachbarvölkern friedliche Beziehungen, vor allem im Bereich des Handels, aufgebaut werden konnten. Ab 596 wurde Amalfi Bischofssitz, und 839 erhielt es die Autonomie von Neapel, blieb jedoch eine begehrte Beute der Fürsten von Salerno, denen es klug zu widerstehen vermochte, vor allem weil es wohlhabend und entwickelt war.
Nach der Erlangung der Unabhängigkeit wurde das Gebiet von Amalfi zunächst von einem Grafen regiert, der in regelmäßigen Abständen von den örtlichen Adelsfamilien gewählt wurde, und später von einem Herzog.
Im 9. Jahrhundert erlebte Amalfi seine größte Blütezeit, auch dank seiner großen territorialen Ausdehnung: Cetara, Positano, Capri, Li Galli, aber auch die Monti Lattari bis nach Gragnano wurden in das Herzogtum einbezogen, das sich behaupten und mit den anderen drei Seerepubliken konkurrieren konnte. Trotz der Rivalität mit Pisa, Genua und Venedig gelang es Amalfi, sich im Mittelmeerraum zu behaupten und einen blühenden und wohlhabenden Handel zu entwickeln, auch dank der verschiedenen Kolonien, die es in den wichtigsten ausländischen Städten angelegt hatte.
Aus dieser Zeit stammt das Seerecht, die Tavola Amalfitana (klicken Sie hier, um "Ein unveröffentlichtes lateinisches Kapitel der Tavola di Amalfi" zu lesen), das in Amalfi bis zum 18. Jahrhundert in Kraft blieb und heute im Stadtmuseum aufbewahrt wird. Dank des Codex war es möglich, die Funktionsweise und Entwicklung der amalfitanischen Gesellschaft im Detail zu rekonstruieren.
Ab 1039 war Amalfi Schauplatz von Kontrasten und Veränderungen: Im selben Jahr eroberte der Fürst von Salerno Guaimaro V. die Stadt. Doch nach einer kurzen Herrschaft ging Amalfi an Robert Guiscard über, der in Süditalien umherstreifte und dem man mangels ausreichender Kräfte nichts entgegensetzen konnte. Marino Sebaste, der letzte Herzog von Amalfi, wurde abgesetzt. Doch nach einigen Monaten wurde unter der Führung des Papstes eine Liga gegründet, an der sich auch Pisa beteiligte: Mit der Rechtfertigung, Guiscard aufzuhalten, nutzten die Pisaner die Gelegenheit, die Küste von Salerno in Besitz zu nehmen. Nach zwei Jahren der Gewalt und Plünderung wurde Amalfi, das inzwischen zu einer Fehde verkommen war, verlassen und seinem Schicksal überlassen, weit entfernt von seinem früheren Glanz.
Nach verschiedenen internen Kämpfen, die die Stadt weiter schwächten, wurde sie 1131 von den Normannen unter Roger II. erobert. Der König sorgte dafür, dass der Handel in Amalfi wieder florierte, und förderte die Entwicklung der Stadt, die nach einem schwachen Aufschwung weiterhin eine der wichtigsten Quellen für die Wirtschaft des Südens war.
Im Jahr 1135 wurde die amalfitanische Flotte, die damit beschäftigt war, die Sarazenen auf Distanz zu halten, von den Pisanern überrumpelt, die die Gelegenheit nutzten, um in die Stadt einzudringen und sie zu vernichten. Doch der Niedergang Amalfis hatte bereits mit der Politik der Normannen begonnen, die aufgrund ihrer Abschottung gegenüber der byzantinischen und muslimischen Bevölkerung einen Großteil des Handelsverkehrs blockierten.
Während des gesamten Mittelalters behielt Amalfi dennoch eine gewisse Bedeutung für den Seeverkehr in Süditalien, ohne sich jedoch den wichtigsten Mittelmeerländern zu öffnen, was seine Einnahmen erheblich schmälerte. In dieser Zeit verfügte die Stadt Salerno auch über eine mächtige und gut organisierte Flotte: einerseits die Handelsflotte, die für den Handel nützlich war, und andererseits die Militärflotte, die sich vor allem in den Schlachten gegen die Araber auszeichnete. Besonders erwähnenswert ist die Schlacht von Ostia im Jahr 849, als die muslimische Flotte, die bereit war, Rom zu überfallen und zu plündern, dank des Eingreifens der Amalfitaner aufgehalten wurde.
Gerade in Amalfi sind die Überreste eines mittelalterlichen Zeughauses erhalten, das einzige seiner Art in Süditalien: Das Gebäude, das mit zwei Schiffen und zwölf Säulen bis heute erhalten geblieben ist, stammt aus dem 11. Jahrhundert, aber die Spuren der wichtigsten Restaurierungen, die 1240 und 1272 stattfanden, sind noch deutlich sichtbar. Das Arsenal wurde hauptsächlich für den Bau von Kriegsschiffen genutzt, da die Handelsschiffe direkt an der Küste gebaut wurden. Das Arsenal blieb bis Mitte des 14. Jahrhunderts in Betrieb: 1343 wurde das Bauwerk nach einem Libeccio-Sturm aufgrund eines Erdrutsches vollständig unter Wasser gesetzt.
Zwischen dem Ende des 14. und dem Beginn des 15. Jahrhunderts wechselte Amalfi von einer Herrschaft zur anderen, von den Sanseverinoes zu den Colonnas, dann zu den Orsinis und schließlich zu den Piccolomini.
Im 15. Jahrhundert trug die aragonesische Herrschaft weiter zum Niedergang der Stadt bei, indem sie Amalfi einen Großteil des kommerziellen Seeverkehrs entzog und ihn stattdessen katalanischen Seefahrern überließ. Damit begann ein langsamer, aber unaufhaltsamer Niedergang, der mit der Pest im Jahr 1643 seinen Höhepunkt fand, die die Bevölkerung der Küste um ein Drittel reduzierte und die Armut weiter vergrößerte. Die wenigen verbliebenen Adelsfamilien zogen nach Neapel, und Amalfi blieb fast unbewohnt.
Im 18. Jahrhundert begannen sich jedoch einige handwerkliche Tätigkeiten zu entwickeln, wie z. B. Schmiede, Korallenarbeiter, Uhrmacher und die so genannten "centrellari", die Nagelschmiede.
Im Jahr 1800 erlebte Amalfi eine Art Wiedergeburt: Joseph Bonaparte, der die Amalfiküste besuchte, erkannte ihre unschätzbare Schönheit und beschloss, den Bau einer Verbindungsstraße zwischen Neapel und der Küste anzuordnen. Die Arbeiten wurden unter Joachim Murat fortgesetzt und 1854 mit der Einweihung der Straße abgeschlossen. Hier fand Erik Ibsen die Inspiration für die Fertigstellung seines "Casa di Bambola".
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts, mit dem wirtschaftlichen Aufschwung, der die italienische Halbinsel erfasste, wurde Amalfi zusammen mit Neapel und der Insel Capri zu einem bekannten Touristenziel.