Hay pocas pruebas del origen de Amalfi, pero una inscripción "Descendit ex patribus romanorum" confirma que fueron los romanos quienes la fundaron. La leyenda cuenta que Amalfi fue una doncella amada por Hércules, que fue enterrada aquí por voluntad de los dioses.
Los romanos se refugiaron allí probablemente a causa de las invasiones germánicas y lombardas, y la ciudad fue utilizada como fortaleza defensiva del Ducado bizantino de Nápoles. Gracias a la habilidad de los expertos marítimos de Amalfi, los bizantinos mantuvieron una relación de paz y cooperación con los amalfitanos.
A partir del siglo IX, Amalfi se convirtió en una de las cuatro repúblicas marítimas de Italia y compitió por la supremacía del tráfico marítimo en la península con sus rivales Venecia, Génova y Pisa. A la ciudad de Amalfi se le atribuye la invención de la brújula, atribuida a Flavio Gioia, que la introdujo como herramienta de orientación para los marineros en el siglo XIII. Sin embargo, según recientes reconstrucciones, no fue Flavio, sino Giovanni Gioia, quien la inventó y promovió su posterior difusión en el Mediterráneo.
Las especiales habilidades de los marineros amalfitanos contribuyeron a establecer relaciones pacíficas, principalmente en el ámbito comercial, con todas las poblaciones vecinas. A partir del 596 Amalfi se convirtió en sede episcopal, y en el 839 obtuvo la autonomía de Nápoles, permaneciendo sin embargo como presa codiciada de los príncipes de Salerno, a los que supo resistir sabiamente, sobre todo por su prosperidad y desarrollo.
Una vez obtenida la independencia, el territorio de Amalfi fue gobernado primero por un conde, elegido periódicamente por las familias nobles locales, y más tarde por un duque.
En el siglo IX, Amalfi conoció su mayor esplendor, gracias también a su gran extensión territorial: Cetara, Positano, Capri, Li Galli, pero también los Montes Lattari, hasta Gragnano fueron incluidos en el ducado, que logró imponerse y rivalizar con las otras tres repúblicas marítimas. A pesar de su rivalidad con Pisa, Génova y Venecia, Amalfi consiguió imponerse en el Mediterráneo y desarrollar un comercio floreciente y próspero, gracias también a las diversas colonias que había colocado en las ciudades extranjeras más importantes.
De esta época data el código de derecho marítimo o Tavola Amalfitana (pulse aquí para leer "Un capítulo inédito en latín de la Tavola de Amalfi"), que estuvo vigente en Amalfi hasta el siglo XVIII, y que se conserva en el museo cívico. Gracias al códice se ha podido reconstruir con detalle el funcionamiento y la progresión de la sociedad amalfitana.
A partir de 1039, Amalfi fue escenario de contrastes y cambios: en ese mismo año, el príncipe de Salerno Guaimaro V la conquistó. Pero tras un breve dominio, Amalfi pasó a manos de Roberto Guiscard, que estaba arrasando en el sur de Italia, y al que fue imposible oponerse por falta de fuerzas suficientes. Marino Sebaste, el último duque de Amalfi, fue depuesto. Pero al cabo de unos meses, se formó una Liga, dirigida por el Papa, en la que también participó Pisa: de esta forma, con la justificación de detener a Guiscard, los pisanos aprovecharon para tomar posesión de la costa de Salerno. Tras dos años de violencia y saqueos, Amalfi, para entonces reducida a un feudo, fue abandonada y dejada a su suerte, lejos de su antiguo esplendor.
Tras varias luchas internas, que la debilitaron aún más, fue conquistada por los normandos de Roger II en 1131. El rey consiguió que las actividades comerciales de Amalfi volvieran a ser prósperas y estimuló en gran medida el desarrollo de la ciudad, que, tras una débil recuperación, siguió siendo una de las principales fuentes de sustento de la economía del sur.
En 1135, la flota amalfitana, ocupada en mantener a los sarracenos a distancia, fue sorprendida por los pisanos, que aprovecharon la ocasión para invadirla y pasarla a cuchillo. Pero la decadencia de Amalfi ya había comenzado con la política de los normandos, que, debido a su cerrazón hacia las poblaciones bizantina y musulmana, bloquearon gran parte del tráfico comercial.
A lo largo de la Edad Media, Amalfi mantuvo, sin embargo, una cierta importancia para el tráfico marítimo en el sur de Italia, pero sin abrirse a los principales países del Mediterráneo, lo que redujo considerablemente sus ingresos. Durante este periodo, la ciudad de Salerno también disfrutó de una flota poderosa y bien organizada: por un lado la flota mercante, útil para el comercio, y por otro la flota militar, que se distinguió sobre todo en las batallas contra los árabes. Cabe destacar la batalla de Ostia en el año 849, cuando la flota musulmana, dispuesta a invadir y saquear Roma, fue detenida gracias a la intervención de los amalfitanos.
Precisamente en Amalfi se conservan los restos de un arsenal medieval, el único de este tipo en el sur de Italia: el edificio, que ha llegado hasta nuestros días con dos naves y doce pilares, data del siglo XI, pero todavía son claramente visibles los signos de las restauraciones más importantes, que tuvieron lugar en 1240 y 1272. El arsenal se utilizaba principalmente para la construcción de buques de guerra, ya que los barcos mercantes se construían directamente en las costas. El arsenal permaneció en funcionamiento hasta mediados del siglo XIV: en 1343, tras una tormenta de libeccio, la estructura quedó completamente sumergida debido a un desprendimiento de tierra submarino.
Entre finales del siglo XIV y principios del XV, Amalfi pasó de un dominio a otro, de los Sanseverino a los Colonna, luego a los Orsini y después a los Piccolomini.
En el siglo XV, la dominación aragonesa contribuyó aún más a la decadencia de la ciudad, ya que se llevó gran parte del tráfico marítimo comercial de Amalfi y lo dejó en manos de los marineros catalanes. A partir de aquí comenzó un lento pero inexorable declive, que culminó con la peste de 1643, que redujo la población de la costa en un tercio, aumentando aún más su estado de pobreza. Las pocas familias nobles que quedaban se trasladaron a Nápoles, y Amalfi quedó casi deshabitada.
Sin embargo, en el siglo XVIII comenzaron a desarrollarse algunas actividades artesanales, como los herreros, los coraleros, los relojeros y los llamados "centrellari", o forjadores de clavos.
En 1800 Amalfi experimentó una especie de renacimiento: en 1807, de hecho, José Bonaparte, que visitó la costa amalfitana, reconoció su inestimable belleza y decidió ordenar la construcción de una carretera que uniera Nápoles con la costa. Las obras continuaron bajo el mando de Joachim Murat y se completaron en 1854, cuando se inauguró la carretera. Fue aquí donde Erik Ibsen encontró la inspiración para terminar su "Casa di Bambola".
En la segunda mitad del siglo XX, con el auge económico que recorrió la península italiana, Amalfi, junto con Nápoles y la isla de Capri, se convirtieron en destinos turísticos de renombre.