Das Archäologische Museum befindet sich in einem außergewöhnlichen architektonischen Kontext, dem ehemaligen Kloster des Klosters San Maurizio, das im 8. Jahrhundert n. Chr. gegründet wurde und in dem die Geschichte des antiken Mailands noch immer ihre Spuren zeigt. Das Gebiet wurde von einem Wohngebäude aus dem 1. Jahrhundert n. Chr., den Mauern und dem großen römischen Zirkus neben dem kaiserlichen Palast aus dem späten 3. Jahrhundert n. Chr. eingenommen, von dem noch wesentliche Reste erhalten sind.
Die Sammlungen werden in verschiedenen Räumen ausgestellt, je nach der Kultur, zu der sie gehören. Im Erdgeschoss, vorbei am ersten Kreuzgang (Architekturdekoration mailändischen Ursprungs), befindet sich die dem antiken Mailand gewidmete Abteilung. Die Besichtigung wird im inneren Kreuzgang fortgesetzt ("Die Mailänder Gesellschaft durch die Inschriften"), wo Sie den polygonalen Turm (Ende 3. Jh.) mit frühmittelalterlichen Fresken (13. Jh.) besichtigen können.
Im Untergeschoss können Sie die Abteilung für Gandhara-Kunst und die Abteilung Leben in Mediolanum besuchen. Wenn man vom inneren Kreuzgang des Museums über den Steg geht, der die römischen Mauern überquert, erreicht man das Gebäude über die Via Nirone 7, die neue Erweiterung des Museums. Im Erdgeschoss, neben dem Konferenzdidaktikraum, befindet sich ein Weg, der der alten Musik gewidmet ist (Suoni Silenti. Bilder und Musikinstrumente des Archäologischen Stadtmuseums von Mailand). Im ersten Stockwerk befindet sich die frühmittelalterliche Abteilung, im zweiten Stockwerk die etruskische Abteilung, während das dritte Stockwerk der griechischen Abteilung gewidmet ist. Von einem kleinen Raum am Ende des etruskischen Abschnitts kann man einen Blick auf die beiden römischen Türme des Komplexes des Klosters Maggiore werfen. Im Inneren des polygonalen Turms der Mauern befindet sich eine Skulptur, die der Stadt Mailand von Mimmo Paladino gestiftet wurde. Die ägyptischen, prähistorischen und protohistorischen Sammlungen werden in den Visconti-Sälen des Castello Sforzesco ausgestellt.