Malta poytaxtida qolish Avliyo Ioannning Malta soboriga tashrif buyurmasdan to'liq emas. Loyiha 1572 yilda Buyuk Usta Jan de la Kassiere tomonidan Avliyo Ioann ritsarlari ordeni uchun cherkov sifatida xizmat qilish uchun topshirilgan va maltalik me'mor Gerolamo Kassar tomonidan ishlab chiqilgan. Ish 1577 yilda tugallangan va ordenning ikki homiysi avliyolaridan biri bo'lgan Baptist Yahyoga bag'ishlangan. Vallettadagi Avliyo Ioannning sobori Malta mamlakati uchun nasroniylikning ahamiyatini namoyish etadi. Tashqi tomondan, 16-asrdagi bu sobor unchalik o'xshamasligi mumkin, lekin ichkariga bir nazar tashlang va sizni ajablantirasiz. Sobor 17-asrda ta'mirlangan va barokkoning ajoyib bezakiga ega. O'zining boy barokko san'ati va yodgorliklaridan tashqari, Co soborida taniqli italyan barokko rassomi Mattia Preti tomonidan bezatilgan ta'sirchan barokko fresklari, bezakli marmar pollar, uch o'lchamli haykallar, o'yilgan tosh devorlar va nafas oluvchi gumbazli shiftlar mavjud. Co-soborda, shuningdek, Mikelanjelo Merisi da Karavadjioning “Suvga cho'mdiruvchi Avliyo Ioannning boshini kesish” nomi bilan mashhur bo'lgan xalqaro miqyosda e'tirof etilgan asarlaridan biri joylashgan. (1608). Oratoriyada joylashgan rasm Karavadjioning eng katta sanʼat asari boʻlib, uning imzosi boʻlgan yagona asaridir. Yilning har kuni tashrif buyuruvchilar mashhur san'at asarlarini ko'rish uchun soborga boradilar va ko'pchilik orolda bo'lganlarida har safar soborga qaytadilar. Soborning o'zi ikkala tomonida to'qqizta mohirona bezatilgan ibodatxonalardan iborat; Sakkiztasi Avliyo Ioann ritsarlarining har bir tili uchun qurilgan, to'qqizinchisi esa ularning homiysi, ordenning boshqa homiysi bo'lgan Filermos xonimi sharafiga bag'ishlangan. Oxirgi ibodatxonada Filermos xonimining qadimiy ikonasi ham joylashgan bo'lib, ritsarlar uni muqaddas ob'ekt deb bilishgan. Maltadagi Avliyo Ioann soborida, shuningdek, Avliyo Ioann ritsarlarining o‘tmishdagi buyuk ustalarining qabrlari joylashgan sirli mahbus bor.