13. yüzyılın başlarında daha önceki bir Romanesk kilisenin yerine başlayan inşaat, yüzyılın geri kalanında yerel Scheldt Gotik tarzında (yakındaki nehrin adını taşıyan) devam etti. Bu tarzın tipik özelliği, Tournai bölgesinden mavi-gri taş, geçişin üstündeki tek büyük kule ve binanın köşelerindeki ince taretlerin kullanılmasıdır.
Ghent'in eski ticaret merkezinde, hareketli Korenmarkt'ın (Buğday Pazarı) yanında inşa edilen Aziz Nikolaos Kilisesi, üyeleri yakınlarda işlerini yürüten loncalar arasında popülerdi. Loncaların 14. ve 15. yüzyıllarda kilisenin kenarlarına eklenen kendi şapelleri vardı.
Kısmen şehir tarafından finanse edilen merkez kule, bir gözlem noktası olarak hizmet etti ve komşu Ghent çan kulesi inşa edilene kadar şehir çanlarını taşıdı. Bu iki kule, Aziz Bavo Katedrali ile birlikte hala şehir merkezinin ünlü ortaçağ silüetini tanımlamaktadır. Kilisenin hazinelerinden biri, ünlü Fransız organ üreticisi Aristide Cavaillé-Coll tarafından üretilen organıdır.
Bina yüzyıllar boyunca yavaş yavaş bozuldu ve istikrarını tehdit eden bir dereceye kadar bozuldu. Çatlaklar sıva ile kaplanmış, duvarları güçlendirmek için pencereler tuğlalanmış ve 18. yüzyılda harap cephelere karşı küçük evler ve dükkanlar inşa edilmiştir. Kiliseye tarihi bir anıt olarak ilgi 1840 civarında ortaya çıkmış ve 20. yüzyılın başında büyük restorasyon planları ortaya çıkmıştır. Kilisenin yanındaki evler yıkılmış ve o zamandan beri birçok yenileme çalışması yapılmıştır.
