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La basílica de San Clemente al Laterano, que no es tan turística, cuenta la historia de Roma basándose en los diferentes estratos de la iglesia. La actual iglesia de San Clemente, dedicada al papa Clemente I, se construyó en el siglo XII sobre una iglesia del siglo IV. Debajo se han encontrado muchos más cimientos romanos. La basílica actual es una de las muchas que hay en Roma y no es el motivo principal de su visita, pero se han encontrado restos de casas romanas (500-27 a.C.) a 20 metros por debajo de esta iglesia. Se cree que las casas fueron destruidas por un gran incendio durante el reinado del emperador Nerón y posteriormente se utilizaron como cimientos.
Sobre estos cimientos se encontró otra gran casa construida en el siglo I. Esta casa sirvió de iglesia secreta para el papa Clemente en aquella época, ya que aún no había libertad de culto.
Durante el siglo IV, cuando se concedió la libertad de religión, se construyó una basílica sobre la iglesia secreta. La iglesia estaba dedicada a la tumba de San Clemente, el tercer sucesor de Pedro como papa. Lo que hace que esta basílica sea única es la riqueza con la que fue decorada por pintores y escultores.
En 1084, gran parte de la iglesia fue destruida por las incursiones vikingas, tras lo cual el Papa Pascual hizo construir una nueva iglesia sobre la antigua en el siglo XII. Para crear una base sólida, se tapiaron y rellenaron partes de la antigua iglesia.
Desde 1862, se llevaron a cabo muchas excavaciones para descubrir estructuras antiguas, mosaicos y frescos de la iglesia inferior. Cuando se visita la iglesia, se viaja a través de las diferentes capas de su historia.
