A igrexa está na parte superior do outeiro en un fermoso lugar. Na páxina web da actual igrexa había unha pequena igrexa construída polos monxes Camaldulense no século XI e dedicada a San Basilio. A igrexa foi danado durante a bolsa de Cortona de 1258 e reconstruída en 1288 por Santa Margherita foi dedicada a San Basilio, San Egidio mónaco e Santa Catarina de Alexandría. Saint Margaret, unha sala na parte de atrás desta pequena igrexa viviu os últimos anos da súa vida e morreu alí 1297. Ela foi enterrado na Igrexa de San Basilio. Inmediatamente despois da morte de Margherita o cortonesi, a carón da igrexa, construíu un maior da igrexa de deseño por Giovanni Pisano e en 1330 cambiou o corpo do Santo. Do xiv-edificio do século permanecer só o rosetón na fachada, a torre da campá e as paredes externas do coro. Ao longo do século xiv, a igrexa continuou a ser embelecedor con importantes frescos. Deste mural ciclo teñen que chegou a nós só algúns fragmentos conservados no Museo Diocesano, pero a evidencia de que é preservada nun código do século xvii, que documentos con vinte e un watercolored escenas de as pinturas de parede perdido en 1653 cando, debido ao seu mal estado de Conservación, eles foron lavados. A análise dos sobreviventes fragmentos leva ata a data-los en torno 1335 e asignar-lles para o obradoiro de un ou ambos os Lorenzetti irmáns. En 1385, a igrexa foi confiada a Olivetan monxes, substituído en 1389 polo observador menores de idade que aínda coidar del e recibir os visitantes. A igrexa tiña sucesivas transformacións na era moderna, de que o século xvii altares permanecen, pero o máis importante transformación, pero desapareceu completamente, foi unha quería no medio de 700 por Xoán V, o Rei de Portugal, que recibira unha graza do Santo. A actual igrexa é en vez o resultado do século xix reconstrución, confiada primeiro arquitecto Enrico Presenti, que substituíu o orixinal soa nave con unha basílica estrutura, a continuación, para o arquitecto Mariano Falcini, que rematou o edificio sagrado, sen agradable a cortonese. Polo tanto, en 1896 o arquitecto Giuseppe Castellucci foi contratado para refacer a fachada, que ten no ollo do século xiv rosetón da vella demolida igrexa. En agosto de 1927, foi elevado á dignidade da basílica Menor. Na capela da esquerda transepto é do século xiv mármore sepulcral monumento de santa Margherita; o venerado resto permanece na urna de prata (1646) no Altar maior.