Denne ikke så turistede basilika San Clemente al Laterano fortæller Roms historie ud fra de forskellige lag i kirken. Den nuværende kirke "San Clemente", der er dedikeret til pave Clement I, blev bygget oven på en kirke fra det 4. århundrede i det 12. århundrede. Under den er der fundet mange flere romerske fundamenter. Den nuværende basilika er en af mange i Rom og ikke hovedårsagen til dit besøg, men der er fundet rester af romerske huse (500-27 f.Kr.) 20 meter under denne kirke. Man mener, at husene blev ødelagt af en stor brand under kejser Nero og senere brugt som fundamenter.
Oven på disse fundamenter blev der fundet et andet stort hus, som var blevet bygget i det 1. århundrede. Dette hus fungerede som en hemmelig kirke for pave Clemens på den tid, da der endnu ikke var religionsfrihed.
I løbet af det 4. århundrede, da der blev givet religionsfrihed, blev der bygget en basilika oven på den hemmelige kirke. Kirken blev viet til gravmæle for Sankt Clement, den tredje efterfølger til Peter som pave. Det, der gør denne basilika unik, er, hvor rigt den blev udsmykket af malere og billedhuggere.
I 1084 blev en stor del af kirken ødelagt under vikingetogter, hvorefter pave Paschal i det 12. århundrede lod bygge en ny kirke oven på den gamle. For at skabe et stærkt fundament blev dele af den gamle kirke muret til og fyldt op.
Siden 1862 er der blevet foretaget mange udgravninger for at afdække gamle strukturer, mosaikker og fresker fra den nederste kirke. Når du besøger kirken, rejser du gennem de forskellige lag af dens historie.