Bažnyčia stovi kalno viršūnėje gražioje vietoje. Dabartinės bažnyčios vietoje buvo nedidelė bažnyčia, pastatyta Camaldolese vienuolių XI amžiuje ir skirta Šv. Bažnyčia buvo sugadinta 1258 m. Cortonos laikais ir 1288 m. atstatyta Santa Margherita buvo skirta Šv. Bazilijui, Šv. Egidijui ir Aleksandrijos Šv. Kotrynai. Šv. Margarita, šios mažosios bažnyčios gale esančiame kambaryje gyveno paskutinius savo gyvenimo metus ir ten mirė 1297 m. Ji buvo palaidota Šv. Iš karto po margheritos mirties cortonesi, šalia bažnyčios, pastatė didesnę bažnyčią Giovanni Pisano dizainui ir 1330 m.perkėlė Šventojo kūną. Iš keturiolikto amžiaus pastato lieka tik rožių langas fasade, varpinė ir išorinės choro sienos. Per keturioliktą amžių bažnyčia ir toliau buvo puošta svarbiomis freskomis. Iš šio freskos ciklo atėjo pas mus tik keletas fragmentų, išsaugotų vyskupijos muziejuje, tačiau įrodymai yra išsaugoti septyniolikto amžiaus kodekse, kad dokumentai su dvidešimt viena akvarelinėmis scenomis sienų paveikslai prarado 1653 m., kai dėl jų prastos išsaugojimo būklės jie buvo nuplauti. Išgyvenusių fragmentų analizė leidžia juos datuoti apie 1335 m.ir priskirti juos vieno ar abiejų Lorenzetti brolių dirbtuvėms. 1385 m. bažnyčia buvo patikėta Olivetano vienuoliams, 1389 m.ją pakeitė pastabūs nepilnamečiai, kurie vis dar rūpinasi ja ir sveikina lankytojus. Bažnyčia turėjo nuoseklių transformacijų šiuolaikinėje epochoje, iš kurių liko septyniolikto amžiaus altoriai, tačiau svarbiausia transformacija, bet visiškai išnyko, buvo tas, kurį 700 m. viduryje norėjo Portugalijos karalius Jonas V, kuris gavo malonę iš Šventojo. Dabartinė bažnyčia yra XIX a. rekonstrukcijos rezultatas, pirmiausia patikėtas architektui Enrico Presenti, kuris pakeitė originalią vieną navą su bazilikos struktūra,tada architektui Mariano Falcini, kuris baigė šventą pastatą be malonių cortonese. Todėl 1896 m. architektas Giuseppe Castellucci buvo užsakytas pertvarkyti fasadą, kuris į akis atspindi keturiolikto amžiaus senosios nugriautos bažnyčios rožių langą. 1927 m. rugpjūtį jis buvo pakeltas į mažosios bazilikos orumą. Kairiojo transepto koplyčioje yra keturiolikto amžiaus marmurinis Santa Margheritos kapas; garbingieji palaikai ilsisi sidabriniame urnoje (1646 m.) prie aukšto altoriaus.
