Šventovė skirta Santa Margheritos, Cortonos ir pranciškonų globėjos, figūrai bei vėlesnei pranciškonų kultūrinei ir dvasinei veiklai. Šventojo mirties metu (1297 m.vasario 22 d.) buvo nuspręsta pastatyti bažnyčią jos garbei, šalia senovės San Basilio bažnyčios, kurią pati Margherita atstatė pasirinkusi ją kaip atgailos ir maldos vietą. 1304 m. Šventasis pastatas jau buvo pastatytas, tačiau jis ir toliau buvo puoštas svarbiomis freskomis per visą keturioliktą amžių. Tik keletas šio freskos ciklo fragmentų atėjo pas mus vyskupijos muziejuje, tačiau įrodymai, kad jis yra išsaugotas septyniolikto amžiaus kodekse, kuriame dokumentai su dvidešimt viena akvarelinėmis scenomis sienų paveikslai prarado 1653 m., kai dėl jų prastos išsaugojimo būklės jie buvo nuplauti. Išgyvenusių fragmentų analizė leidžia juos datuoti apie 1335 m.ir priskirti juos vieno ar abiejų Lorenzetti brolių dirbtuvėms. 1385 m. bažnyčia buvo patikėta Olivetano vienuoliams, 1389 m.ją pakeitė pastabūs nepilnamečiai, kurie vis dar rūpinasi ja ir sveikina lankytojus. 1927 m. rugpjūtį jis buvo pakeltas į mažosios bazilikos orumą.
