Cerkev stoji na vrhu hriba, na krasni lokaciji. Na prizorišču sedanje cerkve je bila majhna cerkev, ki so jo zgradili Camaldolski menihi v XI.stoletju in posvečena Sveti baziliki. Cerkev je bila poškodovana v vrečo Cortona leta 1258 in obnovili v 1288 s Santa Margherita, ki je bila namenjena St. Basil, St. Egidio monako in St. Catherine o Aleksandriji. Sveta Margareta, v sobi za cerkvijo, je živela zadnja leta svojega življenja in umrla leta 1297. Pokopana je bila v cerkvi sv.bazilike. Takoj po smrti Margherita je cortonesi, ob cerkvi, zgradili večjo cerkev design Giovanni Pisano in v 1330 preselil telo Svetnika. Iz štirinajstega stoletja je ostalo le okno vrtnic v fasadi, zvoniku in zunanjih zidovih zbora. Skozi štirinajsto stoletje je bila cerkev olepšana s pomembnimi freskami. Te zidana cikla, ki so prišli, da nas le nekaj fragmentov konzervirane v Diocesan Muzej, ampak dokaz, da je ohranjeno v kodo, ki je v sedemnajstem stoletju, da so dokumenti z enaindvajset watercolored prizorov stenskih poslikav izgubil v 1653, ko se zaradi svoje slabem stanju, Ohranjanje, so bili odplavilo. Analiza preživelih delcev jih pripelje do leta 1335 in jih pripiše delavnici enega ali obeh bratov Lorenzetti. Leta 1385 je bila cerkev zaupana menihom Olivetana, ki so jo leta 1389 zamenjali pomembni mladoletniki, ki še vedno skrbijo zanjo in sprejemajo obiskovalce. Cerkev je imela zaporednih sprememb v moderni dobi, ki sedemnajstem stoletju oltarji ostajajo, vendar je najbolj pomembno preoblikovanje, vendar popolnoma izginila, je bil tisti, hotel sredi '700 John V, Kralj Portugalskem, ki so prejeli milost iz Sv. Sedanja cerkev je namesto rezultat devetnajstega stoletja, obnovo, zaupa najprej architect Enrico Presenti, ki nadomesti originalnega eno samo ladjo z baziliko strukturo, nato pa arhitektu Mariano Falcini, ki je končal sveto stavbe brez prijeten je cortonese. Zato, leta 1896 arhitekt Giuseppe Castellucci je naročila, da obnovi fasade, ki nosi v oči štirinajstem stoletju rose okno stare porušena cerkev. Avgusta 1927 je bila povzdignjena do dostojanstva Male bazilike. V kapeli na levi transept je v štirinajstem stoletju marmorja sepulchral spomenik santa Margherita; na častiti še vedno ostalo v srebrno urn (1646) na Oltar.
