Patakatifu ni kujitolea na takwimu ya Santa Margherita, mlezi wa Cortona na Wafransisko elimu ya juu, na baadae kitamaduni na kiroho ya shughuli ya kuchunguza Franciscans. Wakati wa kifo cha Saint (februari 22, 1297) iliamuliwa kujenga kanisa katika heshima yake, karibu na Kanisa ya kale ya San Basilio kwamba Margherita mwenyewe alikuwa kurejeshwa baada ya kuchagua kama mahali pa toba na maombi. Katika 1304 takatifu jengo tayari kujengwa, lakini iliendelea kuwa embellished na muhimu ya frescoes katika Karne ya kumi na nne. Tu vipande chache ya hii mural mzunguko na kuja kwetu katika Jimbo Makumbusho, lakini ushahidi wa hilo ni kuhifadhiwa katika kanuni ya karne ya kumi na saba kwamba nyaraka ishirini na moja watercolored pazia ukuta uchoraji waliopotea katika 1653 wakati, kutokana na hali mbaya ya Uhifadhi, wao walikuwa nikanawa mbali. Uchambuzi wa kuishi vipande inaongoza kwa tarehe yao ya kuzunguka 1335 na kwa sifa yao ya warsha ya mmoja au wawili wa Lorenzetti ndugu. Katika 1385 kanisa ilikuwa waliokabidhiwa Olivetan watawa, kubadilishwa katika 1389 na kuona watoto ambao bado kuchukua huduma hiyo na kuwakaribisha wageni. Katika agosti 1927 ni muinuko na hadhi ya Minor basilica.
