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L'église se trouve au sommet de la colline, dans un endroit magnifique. À l'emplacement de l'église actuelle se trouvait une petite église construite par les moines camaldules au XIe siècle et dédiée à Saint-Basile. L'église a été endommagée pendant le sac de Cortona en 1258 et reconstruite en 1288 par Santa Margherita. En plus de Saint Basile, elle était dédiée à Saint Aegidius, un moine, et à Sainte Catherine d'Alexandrie. Sainte Marguerite a vécu les dernières années de sa vie dans une pièce à l'arrière de l'église et y est morte en 1297. Elle a été enterrée dans l'église de Saint-Basile. Immédiatement après la mort de Marguerite, les habitants de Cortona ont construit une plus grande église à côté de l'église, conçue par Giovanni Pisano, et en 1330 ils y ont déplacé son corps. De l'édifice du XIVe siècle, il ne reste que la rosace de la façade, le clocher et les murs extérieurs du chœur. Tout au long du XIVe siècle, l'église a continué à être embellie par d'importantes fresques. Seuls quelques fragments de ce cycle de peintures murales ont survécu et sont conservés au musée diocésain, mais on en trouve la preuve dans un codex du XVIIe siècle qui documente les peintures murales perdues en 1653, lorsqu'elles ont été effacées en raison de leur mauvais état de conservation, avec vingt et une scènes aquarellées. L'analyse des fragments qui subsistent nous amène à les dater d'environ 1335 et à les attribuer à l'atelier de l'un ou des deux frères Lorenzetti. En 1385, l'église est confiée aux moines olivétains, qui sont remplacés en 1389 par les petits observants, qui s'occupent toujours de l'église et accueillent les visiteurs. L'église a subi des transformations successives à l'époque moderne, dont il reste les autels du XVIIe siècle, mais la transformation la plus importante, bien qu'elle ait complètement disparu, fut celle ordonnée au milieu du XVIIIe siècle par Jean V, roi du Portugal, qui avait reçu une grâce du saint. L'église actuelle, cependant, est le résultat d'une reconstruction du XIXe siècle, confiée d'abord à l'architecte Enrico Presenti, qui a remplacé la structure originale à une seule nef par une basilique, puis à l'architecte Mariano Falcini, qui a terminé l'édifice sacré sans satisfaire les habitants de Cortona. C'est pourquoi, en 1896, l'architecte Giuseppe Castellucci a été chargé de refaire la façade, qui porte la rosace du XIVe siècle de l'ancienne église démolie. En août 1927, elle a été élevée à la dignité de basilique mineure. Dans la chapelle du transept gauche se trouve le monument sépulcral en marbre de Sainte Marguerite, datant du XIVe siècle ; la dépouille vénérée repose dans l'urne en argent (1646) sur le maître-autel.
