Adevăratul centru timpuriu al Franciscanismului, Porziuncola a devenit unul dintre cele mai importante locuri de pelerinaj, atât de mult încât Papa pios al V-lea, la sfârșitul Sinodului de la Trento, a decis să construiască această grandioasă bazilică cu scopul de a da o nouă viață Ordinului Fraților Minori și o primire adecvată multor credincioși care vizitau deja Porziuncola. Biserica are trei culoare, cu un transept ne-proeminent, plan de cupolă încrucișată și o absidă semicirculară, au fost proiectate de Galeazzo Alessi; a fost finalizat în 1679 cu construcția clopotniței din dreapta, care ar fi trebuit să se potrivească cu cea din stânga, care se termină chiar deasupra acoperișului Bisericii .
Cutremurele din 1832 au provocat prăbușirea navei centrale până la bolta transversală, secțiuni ale celor laterale și partea superioară a fa, în timp ce cupola și absida au fost salvate. Centrul Bazilicii, adică Capela Porziuncolei, apare ca o biserică mică, direct sub cupolă. La începutul secolului al 13-lea Biserica fusese abandonată printre stejarii aparținând călugărilor benedictini din Subasio. În jurul anului 1205, Francisc și-a stabilit casa acolo, a restaurat biserica și a fondat Ordinul Franciscan. Primele colibe pentru călugări din lut și stuf au fost construite în jurul Porziuncolei. Acesta a fost locul în care Sfântul Francisc a trăit cel mai des, unde i-a dat Sfintei Clare obiceiul religios (1212) și unde a ținut Capitolul Mats (1221), la care au participat peste 5000 de frați. Tradiția afirmă că aici Sfântul Francisc a obținut indulgență plenară de la Fecioara Maria. Porziuncola este o construcție dreptunghiulară foarte simplă, realizată din piatră policromă din Subasio. Partea superioară a fa-ului este acoperită de o frescă (iertarea Lui Assisi), de Friedrich Overbeck din L-Ulquxbeck (1829). În partea dreaptă sunt rămășițele a două fresce din secolul al XV-lea cu influență sieneză: Madonna și Pruncul între Sfântul Francisc și Sfântul Bernardin. În spate, este o frescă de Perugino, Calvar (partea superioară a căreia a fost pierdută). Interiorul (ciocanele ușilor sunt din secolul al XV-lea) are o boltă cu nervuri încrucișate, puțin înnegrită de fumul din lămpi; la altar, Buna Vestire și poveștile iertării, un panou mare de Ilario da Viterbo (1393), care a realizat și Fâșia frescă pe boltă cu evangheliștii; pe peretele din stânga este o frescă a Imago Pietatis.
