Shenjtërorja i kushtohet figurës Së Santa Margheritës, patroneshës Së Cortonës dhe terciarit Françeskan, dhe veprimtarisë së mëvonshme kulturore dhe shpirtërore të Françeskanëve vëzhgues. Me vdekjen E Shenjtores (22 shkurt 1297) u vendos të ndërtohej një kishë për nder të saj, pranë Kishës antike Të San Basilio që Vetë Margherita e kishte restauruar pasi e kishte zgjedhur si vend pendese dhe lutjeje. Në 1304 ndërtesa e shenjtë u ndërtua tashmë, por ajo vazhdoi të zbukurohej me afreske të rëndësishme gjatë Gjithë Shekullit Të Katërmbëdhjetë. Vetëm disa fragmente të këtij cikli mural na kanë ardhur në Muzeun Dioqezan, por provat e tij ruhen në një kod të shekullit të shtatëmbëdhjetë që dokumenton me njëzet e një skena me bojëra uji pikturat murale të humbura në 1653 kur, për shkak të gjendjes së tyre të dobët Të Ruajtjes, ato u lanë. Analiza e fragmenteve të mbijetuara çon në datën e tyre rreth vitit 1335 dhe t'i atribuojë ato në punëtorinë e njërit ose të dy vëllezërve Lorenzetti. Në 1385 kisha iu besua murgjve Olivetan, u zëvendësua në 1389 nga të miturit vëzhgues që ende kujdesen për të dhe mirëpresin vizitorët. Në gusht 1927 u ngrit në dinjitetin e bazilikës Së Vogël.
