Kisha qëndron në majë të kodrës në një vend të bukur. Në vendin e kishës së tanishme kishte një kishë të vogël të ndërtuar nga murgjit Kamaldolezë në shekullin XI dhe kushtuar Shën Vasilit. Kisha u dëmtua gjatë thesit Të Cortona të vitit 1258 dhe u rindërtua në vitin 1288 nga Santa Margherita iu kushtua Shën Vasilit, Shën Egidio monakos dhe Shën Katerinës së Aleksandrisë. Shën Margaret, në një dhomë në pjesën e prapme të kësaj kishe të vogël jetoi vitet e fundit të jetës së saj dhe vdiq atje në 1297. Ajo u varros në Kishën E Shën Vasilit. Menjëherë pas vdekjes Së Margherita cortonesi, pranë kishës, ndërtoi një kishë më të madhe për të hartuar Nga Giovanni Pisano dhe në vitin 1330 lëvizi trupin E Shenjtorit. Nga ndërtesa e shekullit të katërmbëdhjetë mbeten vetëm Dritarja E Trëndafilave në fasadë, këmbana dhe muret e jashtme të korit. Gjatë shekullit të katërmbëdhjetë kisha vazhdoi të zbukurohej me afreske të rëndësishme. Nga ky cikël mural na kanë ardhur vetëm disa fragmente të ruajtura Në Muzeun Dioqezan, por dëshmi e tij është ruajtur në një kod të shekullit të shtatëmbëdhjetë që dokumenton me njëzet e një skena me bojëra uji pikturat murale të humbura në 1653 kur, për shkak të gjendjes së tyre të dobët Të Ruajtjes, ato u lanë. Analiza e fragmenteve të mbijetuara çon në datën e tyre rreth vitit 1335 dhe t'i atribuojë ato në punëtorinë e njërit ose të dy vëllezërve Lorenzetti. Në 1385 kisha iu besua murgjve Olivetan, u zëvendësua në 1389 nga të miturit vëzhgues që ende kujdesen për të dhe mirëpresin vizitorët. Kisha pati transformime të njëpasnjëshme në epokën moderne, nga të cilat mbeten altarët e shekullit xvii, por transformimi më i rëndësishëm, por u zhduk plotësisht, ishte ai i kërkuar në mes të '700 Nga John V, Mbreti I Portugalisë, i cili kishte marrë një hir Nga Shenjtori. Kisha e tanishme është në vend të kësaj rezultat i rindërtimit të shekullit xix, i besuar së pari arkitektit Enrico Presenti, i cili zëvendësoi fashën origjinale të vetme me një strukturë bazilike, pastaj arkitektit Mariano Falcini, i cili përfundoi ndërtesën e shenjtë pa e kënaqur kortonezin. Prandaj, në 1896 arkitekti Giuseppe Castellucci u ngarkua të ribëjë fasadën, e cila mban në sy dritaren e trëndafilit të shekullit të katërmbëdhjetë të kishës së vjetër të rrënuar. Në gusht 1927 u ngrit në dinjitetin e bazilikës Së Vogël. Në kapelën e transeptit të majtë është monumenti i varrit të mermerit të shekullit të katërmbëdhjetë të santa Margherita; mbetjet e nderuara pushojnë në urnën e argjendtë (1646) në Altarin E Lartë.
