A templom áll a domb tetején egy szép helyen. A jelenlegi templom helyén volt egy kis templom, amelyet a Camaldolese szerzetesek építettek a XI. században, Szent Bazilnak szentelve. A templom 1258-ban megrongálódott, majd 1288-ban Santa Margherita újjáépíttette Szent Bazil, Szent Egidio monaco és Alexandriai Szent Katalin tiszteletére. Szent Margit a kis templom hátsó szobájában élte életének utolsó éveit, és ott halt meg 1297-ben. A Szent Bazil templomban temették el. Közvetlenül Margherita halála után a cortonesi, a templom mellett, egy nagyobb templomot épített Giovanni Pisano tervezésére, 1330-ban pedig áthelyezte a szent testét. A tizennegyedik századi épületből csak a homlokzat rózsaablaka, a harangtorony és a kórus külső falai maradtak meg. A tizennegyedik században a templomot továbbra is fontos freskókkal díszítették. Ez a freskó ciklus volna hozzánk, csak néhány töredék őrzi az Egyházmegyei Múzeum, de bizonyíték állapotban, egy kód, a tizenhetedik században, hogy a dokumentumok a huszonegy watercolored jelenetek a falon festmények elveszett 1653 amikor miatt a szegény állami Természetvédelmi voltak mosva. A fennmaradt töredékek elemzése 1335 körül nyúlik vissza, és a Lorenzetti testvérek egyikének vagy mindkettőjének műhelyébe sorolja őket. 1385-ben az egyházat az Olivetai szerzetesekre bízták, akiket 1389-ben felváltottak a még mindig gondoskodó és a látogatókat üdvözlő megfigyelő kiskorúak. Az egyház volt az egymást követő átalakulások a modern korban, mely a tizenhetedik századi oltár marad, de a legfontosabb átalakulás, de teljesen eltűnt, volt, aki akarta, közepén a '700 John V, Portugál Király, aki kapott egy grace a Szent. A jelenlegi templom ehelyett a tizenkilencedik századi rekonstrukció eredménye, amelyet először Enrico Presenti építészre bíztak, aki az eredeti egyhajós hajót egy bazilika szerkezettel váltotta fel, majd Mariano Falcini építészre, aki a szent épületet a cortonese tetszése nélkül fejezte be. Ezért 1896-ban Giuseppe Castellucci építész megbízást kapott a homlokzat felújítására, amely a régi lebontott templom tizennegyedik századi rózsaablakát viseli. 1927 augusztusában a kisebb bazilika méltóságára emelték. A bal oldali transzept kápolnájában található a Santa Margherita tizennegyedik századi márvány síremléke; a tiszteletreméltó maradványok az ezüst urnában (1646), a főoltáron nyugszanak.
