A szentélyt Santa Margherita alakjának, Cortona és ferences tercier védőszentjének, valamint az azt követő ferencesek kulturális és szellemi tevékenységének szentelik. A Szent halálakor (1297. február 22-én) úgy döntöttek, hogy templomot építenek a tiszteletére, a San Basilio ősi temploma mellett, amelyet maga Margherita helyreállított, miután a bűnbánat és az ima helyét választotta. 1304-ben már épült a szent épület, de a tizennegyedik században továbbra is fontos freskókkal díszítették. Csak néhány töredék, hogy ez a freskó ciklus volna hozzánk, az Egyházmegyei Múzeum, de bizonyíték állapotban, egy kód, a tizenhetedik században, hogy a dokumentumok a huszonegy watercolored jelenetek a falon festmények elveszett 1653 amikor miatt a szegény állami Természetvédelmi voltak mosva. A fennmaradt töredékek elemzése 1335 körül nyúlik vissza, és a Lorenzetti testvérek egyikének vagy mindkettőjének műhelyébe sorolja őket. 1385-ben az egyházat az Olivetai szerzetesekre bízták, akiket 1389-ben felváltottak a még mindig gondoskodó és a látogatókat üdvözlő megfigyelő kiskorúak. 1927 augusztusában a kisebb bazilika méltóságára emelték.
