Baznīca stāv augšpusē kalna jaukā vietā. Pašreizējās baznīcas vietā bija neliela baznīca, kuru XI gadsimtā uzcēla Camaldolese mūki un kas veltīta Sv. Baznīca tika bojāta 1258. gada Kortonas laikā un 1288. gadā pārbūvēta Santa Margherita tika veltīta Sv. Saint Margaret, telpā aizmugurē šo maz baznīcas dzīvoja pēdējos gados viņas dzīvi un nomira tur 1297. Viņa tika apglabāta Sv. Tūlīt pēc Margheritas nāves cortonesi, blakus baznīcai, uzcēla lielāku baznīcu, lai projektētu Giovanni Pisano, un 1330. gadā pārvietoja svēto ķermeni. No četrpadsmitā gadsimta ēkas paliek tikai rožu logs fasādē, zvanu tornis un kora ārējās sienas. Visā četrpadsmitajā gadsimtā baznīca turpināja būt izrotāta ar svarīgām freskām. No šīs sienas cikla ir nonākuši pie mums tikai daži fragmenti konservēti diecēzes muzejā, bet pierādījumi par to tiek saglabāta kodu septiņpadsmitā gadsimta, ka dokumenti ar divdesmit vienu ūdenskrāsains ainas sienu gleznojumi zaudēja 1653 kad, sakarā ar to slikto stāvokli saglabāšanu, tie tika mazgāti prom. Izdzīvojušo fragmentu analīze liek tos datēt ap 1335. gadu un piedēvēt tos viena vai abu Lorenzetti Brāļu darbnīcai. 1385. gadā baznīca tika uzticēta Olivetānas mūkiem, kurus 1389. gadā nomainīja novērotie nepilngadīgie, kuri joprojām par to rūpējas un sveic apmeklētājus. Baznīca bija secīgas pārvērtības mūsdienu laikmetā, no kuriem septiņpadsmitā gadsimta altāri paliek, bet vissvarīgākais transformācija, bet pilnīgi pazuda, bija viens gribēja vidū ' 700 John V, Portugāles karalis, kurš bija saņēmis žēlastību no Svētā. Tā vietā pašreizējā baznīca ir deviņpadsmitā gadsimta rekonstrukcijas rezultāts, kas vispirms tika uzticēts arhitektam Enrico Presenti, kurš aizstāja sākotnējo singlu nave ar bazilikas struktūru, pēc tam arhitektam Mariano Falcini, kurš pabeidza svēto ēku, nepatīkot cortonese. Tāpēc 1896. gadā arhitekts Giuseppe Castellucci tika pasūtīts, lai pārveidotu fasādi, kurai acī ir vecās nojauktās baznīcas četrpadsmitā gadsimta rožu logs. 1927. gada augustā tas tika paaugstināts līdz nelielas bazilikas cieņai. Kreisā transepta kapelā ir santa Margherita četrpadsmitā gadsimta marmora kapa piemineklis; godājamie paliekas atpūšas sudraba urnā (1646) pie augstā altāra.
