Svētnīca ir veltīta Kortonas un Franciskāņu patroneses Santa Margheritas figūrai un sekojošajai Franciskāņu kultūras un garīgajai aktivitātei. Pēc Svētā nāves (1297. gada 22. februāris) tika nolemts uzcelt baznīcu viņas godā, blakus senajai San Basilio baznīcai, kuru Margherita pati bija atjaunojusi pēc tam, kad bija izvēlējusies to kā gandarīšanas un lūgšanas vietu. 1304. gadā svēta ēka jau tika uzcelta, bet četrpadsmitajā gadsimtā tā turpināja būt izrotāta ar svarīgām freskām. Diecēzes muzejā mums ir nonākuši tikai daži fragmenti no šī sienas cikla, bet pierādījumi par to tiek saglabāti septiņpadsmitā gadsimta kodeksā, ka dokumenti ar divdesmit vienu ūdenskrāsu ainas 1653. gadā zaudēja sienu gleznojumus, kad to sliktā Saglabāšanas stāvokļa dēļ tie tika nomazgāti. Izdzīvojušo fragmentu analīze liek tos datēt ap 1335. gadu un piedēvēt tos viena vai abu Lorenzetti Brāļu darbnīcai. 1385. gadā baznīca tika uzticēta Olivetānas mūkiem, kurus 1389. gadā nomainīja novērotie nepilngadīgie, kuri joprojām par to rūpējas un sveic apmeklētājus. 1927. gada augustā tas tika paaugstināts līdz nelielas bazilikas cieņai.
