Franje sagrađena je pod vodstvom brata Eliasa, generalnog vikara i arhitekta reda, počevši od 1228.godine, samo dvije godine nakon smrti sveca, kao mjesto posvećeno pokopu njegovih ostataka. Papa Grgur NOINZIN položio je prvi kamen 17.srpnja 1228., dan nakon kanonizacije svetog Franje, na mjestu koje se prije koristilo za pogubljenja i pokop kriminalaca. Prema predaji, sam Franjo je na smrtnoj postelji to mjesto naznačio svojim suputnicima kao mjesto za njegov pokop. Izgled Vanjski dio bazilike ima očite reference na Francusku gotiku u uzvišenom pročelju i dvokrilnim vratima osvijetljenim vodoravnim zagradama i ružičastim prozorom s tipično umbrijskim izgledom, kao i teškim, širokim zvonikom. Sve su površine obložene kamenom s planine Subasio, koji je tijekom dana ružičaste boje i sjaji bijelo na mjesečini. Donja crkva Posjetitelji ulaze u donju baziliku sa strane, kroz dvostruka vrata iz 13.stoljeća okrunjena renesansnim Pro-Romom. Unutrašnjost ima jednu lađu podijeljenu u pet odjeljaka niskim arkadama, s bočnim kapelama s kraja 13. stoljeća. U prvom odjeljku, na ulazu, izložene su dvije velike gotičke grobnice iz 14.stoljeća, a između njih propovjedaonica s osnovom iz 13. stoljeća, sa stražnjim dodacima i preinakama. Nasuprot ulazu nalazi se kapela Svete Katarine ili raspela, ukrašena ciklusom freski bolonjeza Andrea Bartoli (1368.) i osvijetljena prozorima s više krila iz 14. stoljeća. Višebojno drveno raspelo na oltaru datira s kraja petnaestog stoljeća. Na zidovima lađe nalaze se ostaci freski s prizorima Kristove muke (desno) i pričama iz života svetog Franje (lijevo), koje je naslikao takozvani majstor svetog Franje (oko 1253.). Pred kraj lijevog zida, u niši iznad gotičkog uzvišenja, nalazi se freska Puccija Capanne "Krunidba Djevice Marije" (14.st.). U sredini lađe stubište vodi dolje u kriptu; iza oltara nalazi se urna s ostacima sveca, zaštićena željeznom rešetkom. Vraćajući se u crkvu, u kapeli Magdalene nalaze se dragocjene freske (oko 1314.) koje prikazuju priče Marije Magdalene i svetaca pripisane školi Giotto, a možda uključuju i neke slike naslikane rukom majstora. Prva kapela s lijeve strane sadrži epizode iz života svetog Martina koje je napisala Simone Martini (1312-1320). U križnom prolazu, iznad gotičkog oltara, nalaze se i druge freske koje se pripisuju giottovim pomoćnicima, uključujući maestra delle Vele (majstora asiških kripti). Zidovi i bačvasti svod desnog transepta sačuvali su freske škole Giotto i Madonu na prijestolju s anđelima i svetim Franjom, veličanstvenu kompoziciju Cimabue koja je djelomično smanjena. Na susjednom zidu na kraju nalazi se pet figura svetaca pripisanih Simone Martini. Kapela Svetog Nikole također je ukrašena freskama škole Giotto (1300-1310), moguće izvedenim uz pomoć samog majstora i predstavljajući priče ovog sveca. U niši iznad oltara nalazi se gotička grobnica Giovannija Gaetana Orsinija nepoznatog umbrijskog majstora. Na zidovima i na svodu lijevog transepta posjetitelji se mogu diviti ciklusu Kristove muke i Madoni sa svecima Pietra Lorenzettija i njegove radionice (1315-20), kao i drugim slikama. Gornja crkva Ako svečana i tamna Donja bazilika poziva na pokajanje i tišinu, tada se gornja crkva uzdiže u nebo, Prozračna i svijetla. Izrađena u gotičkom stilu s francuskim utjecajem, lađa ima četiri uvale, poprečne svodove, poligonalni transept i apsidu. Transept je čudesno ukrašen freskama Cimabue s poznatim raspelom, prizorima apokalipse i pričama o Svetom Petru. Ciklus, započet 1277.godine, oštećen je promjenama u kojima je bijela poprimila tamnu nijansu, dajući nekim slikama izgled fotografskih negativa. Cimabue i njegovi pomoćnici također su naslikali četvoricu evanđelista na stropu iznad gotičkog glavnog oltara i freske s pričama o Mariji na zidovima. U gornjem dijelu lađe nalazi se ciklus freski s temama iz Novog i Starog zavjeta za koje se vjeruje da dijelom pripadaju umjetnicima rimske škole, a dijelom sljedbenicima Cimabuea. Prostor narativnih scena isprekidan je prozorima ukrašenim srednjovjekovnim vitražima koji, unatoč rekonstrukciji, čine jedan od najcjelovitijih takvih kompleta u Italiji. Donji dio zidova lađe ukrašen je poznatim ciklusom freski koje je dizajnirao Giotto, koji je njegov završetak nadzirao drugim rukama. Ciklus sadrži prizore iz života svetog Franje, od njegove mladosti do smrti do posthumnih čuda koja su mu pripisana, uokvirena oslikanom arhitekturom koja prikazuje stupove i zagrade.