St. Peter's didirikan pada akhir abad ke-7 oleh Amandus, seorang misionaris yang dikirim oleh Raja-raja Frank untuk mengkristenkan penduduk pagan di wilayah tersebut, yang mendirikan dua biara di daerah tersebut, St. Bavo's, dan St. Peter's di Blandijnberg. Selama musim dingin 879-80, biara itu digerebek dan dijarah oleh Normandia, dan itu tetap relatif miskin sampai abad ke-10, ketika sumbangan properti dan relik oleh Count Arnulf I sangat memperkayanya, seperti halnya sumbangan lebih lanjut oleh sepupu Arnulf Raja Edgar dari Inggris. Pada paruh kedua abad itu, itu adalah biara terkaya di Flanders, dan reputasi sekolah biara meluas jauh melampaui kota. Pada 984, Gerbert dari Aurillac, direktur sekolah Katedral Reims, (kemudian Paus Sylvester II) menanyakan apakah siswa dari Reims dapat diterima di St. Peter's, dan kemasyhurannya sebagai pusat artes liberales berlanjut hingga abad ke-11. Santo Petrus, melalui kepemilikannya atas sebidang tanah yang luas, juga memainkan peran perintis dalam penanaman selama abad ke-12 dan ke-13, mengubah hutan, tegalan, dan rawa-rawa menjadi lahan pertanian. Pada abad ke-15, program konstruksi skala besar menciptakan perpustakaan biara dan skriptorium, memperbesar ruang makan, dan gereja biara serta bangunan lainnya sangat diperindah. Kemunduran pertama Santo Petrus dimulai setelah pemberontakan Ghent pada tahun 1539, dan pada tahun 1560-an Negara-Negara Rendah terjerumus dalam krisis agama yang mengakibatkan serangan oleh ikonoklas pada tahun 1566 di mana gereja biara dihancurkan, Perpustakaan dijarah, dan bangunan lainnya rusak parah. Rumah sakit ditekan untuk digunakan sebagai rumah sementara bagi para biarawan dan ruang makan digunakan sebagai tempat ibadah. Namun oposisi terus berlanjut dan pada tahun 1578 kepala biara dan biksu terpaksa melarikan diri ke Douai. Bangunan biara dijual di pelelangan umum dan sebagian dihancurkan, bahan yang digunakan untuk membangun tembok kota. Biara akhirnya kembali ke tangan gereja pada tahun 1584, dan akhirnya dibangun kembali, dengan gereja biara baru, dimulai pada tahun 1629, dengan gaya Barok, serta beberapa bangunan dan renovasi baru lainnya. Selama abad ke-18, biara sekali lagi berkembang, karena bangunan baru dibangun dan yang lebih tua diperbesar, termasuk konversi asrama lama menjadi perpustakaan dengan lebih dari sepuluh ribu buku. Namun, akhirnya tidak jauh, pertama dengan revolusi Brabant tahun 1789-90, kemudian invasi Prancis tahun 1793. Akhirnya, pada 1 September 1796, direktori tersebut menghapus semua lembaga keagamaan. Pada 1798 Perpustakaan dikosongkan dan akhirnya dibawa ke Universitas Ghent. Dari 1798 gereja biara digunakan sebagai museum, tetapi dikembalikan ke kepemilikan Gereja pada 1801. Pada tahun 1810, sisa biara menjadi milik Kota Ghent, dan sebagian dihancurkan untuk pembangunan barak militer, yang tetap di situs sampai 1948. Sekitar tahun 1950 kota ini meluncurkan program restorasi, yang masih berlangsung, yang dimulai dengan Biara dan rumah bab, kemudian sayap barat, termasuk ruang makan Tua dan dapur. Pekerjaan di Gudang Anggur dan loteng selesai pada 1970-an, dan pada 1982 pekerjaan di abbey gardens selesai, dan pada 1986 teras. Pada 1990-an restorasi sayap ruang makan dimulai. Biara ini sekarang digunakan sebagai museum dan pusat pameran, yang pada tahun 2000 menjadi tempat pameran besar sebagai bagian dari tahun Kaisar Charles, dan pada Oktober 2001 menjadi tuan rumah pertemuan ke-88 Dewan Eropa.