De oorsprong van het gebouw wordt officieel gedateerd op 29 januari 1240, toen Frederik II Hohenstaufen aan Riccardo da Montefuscolo, Justicier van Capitanata, opdracht gaf de materialen en alles wat nodig was voor de bouw van een kasteel bij de kerk van Sancta Maria de Monte (nu verdwenen) klaar te maken. Deze datum wordt echter niet door alle geleerden aanvaard: volgens sommigen had de bouw van het kasteel op dat moment de daken al bereikt.Vanaf de 17e eeuw volgde een lange periode van verwaarlozing, waarin het kasteel werd ontdaan van zijn meubilair en marmeren muurversieringen (waarvan alleen nog sporen zichtbaar zijn achter de kapitelen) en niet alleen een gevangenis werd, maar ook een schuilplaats voor herders, struikrovers en politieke vluchtelingen. In 1876 werd het kasteel, dat in zeer slechte staat verkeerde, uiteindelijk gekocht (voor een bedrag van 25.000 pond) door de Italiaanse staat, die de restauratie liet beginnen in 1879. In 1928 werd bij de restauratie onder leiding van architect Quagliati het puin buiten het kasteel verwijderd en een deel van de afbrokkelende structuren afgebroken, die later werden herbouwd om het kasteel een "verjongd" aanzien te geven; dit hield de achteruitgang niet tegen en tussen 1975 en 1981 moesten verdere restauraties worden uitgevoerd. In 1936 werd Castel del Monte uitgeroepen tot nationaal monument.In 1996 werd het door de UNESCO op de Werelderfgoedlijst geplaatst vanwege de mathematische en astronomische strengheid van de vormen en de harmonieuze mix van culturele elementen uit Noord-Europa, de islamitische wereld en de klassieke oudheid, een typisch voorbeeld van middeleeuwse architectuur.Ondanks de algemene benaming "kasteel" is de precieze functie van het imposante gebouw nog steeds onbekend. Architectonisch verstoken van typisch militaire elementen en grachten, gelegen op een niet-strategische positie, was het gebouw waarschijnlijk niet echt een fort. Sommige elementen van de constructie sluiten deze hypothese overigens resoluut uit: zo zijn de wenteltrappen in de torens tegen de klok in geplaatst (in tegenstelling tot alle andere verdedigingswerken uit die tijd), een situatie die de bewoners van het kasteel in het nadeel stelde tegenover mogelijke aanvallers omdat zij gedwongen zouden zijn geweest hun wapen met de linkerhand vast te houden. De schietgaten zijn ook te smal om aan te nemen dat er pijlen geschoten konden worden.Zelfs de hypothese dat het een jachtslot was, een activiteit waar de vorst veel van hield, wordt in twijfel getrokken door de aanwezigheid van fraaie ornamenten en de afwezigheid van stallen en andere vertrekken die typisch zijn voor jachtverblijven.Vanwege de sterke symboliek waarmee het is doordrenkt, is verondersteld dat het gebouw misschien een soort tempel was, of misschien een kennistempel, waarin men zich ongestoord aan de studie van de wetenschappen kon wijden.In ieder geval openbaart het zich als een grandioos architectonisch werk, een synthese van verfijnde wiskundige, geometrische en astronomische kennis.Enkele lichte asymmetrieën in de rangschikking van de overblijvende versieringen en binnendeuren, wanneer deze niet te wijten zijn aan verkwisting of wijzigingen, hebben bij sommige geleerden het idee opgeroepen dat het kasteel en zijn kamers, hoewel geometrisch perfect, ontworpen waren om te worden gebruikt via een soort verplicht "pad", waarschijnlijk gekoppeld aan astronomische criteria.Om het totale gebrek aan gangen te verklaren, is ook verondersteld dat er op de eerste verdieping ooit een houten balkon was, nu verdwenen, aan de kant die naar de binnenplaats kijkt, dat een onafhankelijke toegang tot de afzonderlijke kamers mogelijk zou hebben gemaakt.Volgens een recente hypothese kreeg het gebouw de functie van wellnesscentrum, geschikt voor regeneratie en lichaamsverzorging, naar het voorbeeld van de Arabische hammam. Verschillende elementen van het gebouw zouden in deze richting wijzen: de vele en ingenieuze systemen voor het kanaliseren en opvangen van water, de talrijke reservoirs voor opslag, de aanwezigheid van de oudste badzalen uit de geschiedenis, de bijzondere vorm van het gehele complex, het verplichte interne pad en de achthoekige vorm.Vanwege de achthoekige vorm, met evenveel achthoeken op de hoekpunten van het centrale plan, kan men aannemen dat het gebouw is gebouwd om op de vorm van een kroon te lijken; dit zou de functie van Castel del Monte verklaren, namelijk een verdere bevestiging van de keizerlijke macht, een monument.De achthoek waarop het plan van het complex en zijn elementen is gebaseerd, is een geometrische vorm met een hoge symbolische waarde: het is de tussenfiguur tussen het vierkant, symbool van de aarde, en de cirkel, die de oneindigheid van de hemel voorstelt, en zou dus de overgang van het ene naar het andere markeren.De keuze van de achthoek zou afgeleid kunnen zijn van de Rotskoepel in Jeruzalem, die Frederik II tijdens de zesde kruistocht had gezien, of van de Paltskapel in Aken.De hele constructie is doordrongen van sterke astrologische symbolen en de positie is zo ontworpen dat op zon- en nachteveningsdagen de door de muren geworpen schaduwen een bepaalde richting hebben. Op de middag van de herfstequinox, bijvoorbeeld, bereiken de schaduwen van de muren perfect de lengte van de binnenplaats, en precies een maand later bestrijken ze ook de volledige lengte van de kamers. Tweemaal per jaar (op 8 april en 8 oktober, en oktober werd in die tijd beschouwd als de achtste maand van het jaar) valt er bovendien een zonnestraal door het raam in de zuidoostelijke muur en verlicht door het raam aan de binnenplaats een deel van de muur waar eerder een bas-reliëf was uitgehouwen.Op de twee zuilen die het ingangsportaal flankeren, zitten twee leeuwen gehurkt, waarvan de rechter naar links kijkt en omgekeerd, naar de punten aan de horizon waar de zon opkomt op de twee zomer- en winterzonnewendes.Een andere bijzonderheid in het gebouw kan worden opgemerkt: op de vijf waterreservoirs onder de torens zijn vijf schoorstenen binnenin ideaal verbonden. Sommigen hebben deze aanwezigheid in verband gebracht met de woorden van het Evangelie volgens Lucas: "Vandaag doop ik u met water, maar hij zal komen die u met vuur zal dopen", waarmee de hypothese wordt geloofd dat het gebouw als een soort tempel werd gebruikt.Er is opgemerkt dat het gebouw, van veraf gezien, veel weg heeft van een kroon en in het bijzonder van de kroon waarmee Frederik II zelf werd gekroond (ook achthoekig).Als men het ingangsportaal van het gebouw idealiter zou doorsnijden met een verticale lijn door de as ervan, zou men een grote F kunnen zien, de initiaal van de vorst die het wilde en die zo misschien zijn stempel en handtekening achterliet. De plaatsing van de trappen zou ook zo zijn ontworpen dat wie het gebouw verlaat, nooit het gebouw of de initialen van de man die het liet bouwen de rug kan toekeren.Het getal acht komt terug in verschillende elementen van deze constructie: de achthoekige vorm van het gebouw, van de binnenplaats en de acht torens op de toppen, de acht binnenkamers, het binnenbassin dat achthoekig moest zijn, acht vierbladige bloemen op de linker omlijsting van het ingangsportaal, nog eens acht op de onderste omlijsting, acht bladeren op de kapitelen van de zuilen in de kamers, acht bladeren op de sluitsteen, acht wijnbladeren op de sluitsteen van de eerste kamer op de begane grond, acht zonnebloembladeren op de sluitsteen van een andere kamer, acht bladeren en acht bloemblaadjes op de sluitsteen van de vijfde kamer, acht acanthusbladeren op de sluitsteen van de achtste kamer, acht vijgenbladeren op de sluitsteen van de achtste kamer op de bovenverdieping.