Bygningens oprindelse er officielt dateret til den 29. januar 1240, da Frederik II Hohenstaufen beordrede Riccardo da Montefuscolo, justicier af Capitanata, til at forberede materialer og alt det nødvendige til opførelsen af et slot i nærheden af kirken Sancta Maria de Monte (nu forsvundet). Denne dato accepteres dog ikke af alle forskere: ifølge nogle var byggeriet af slottet på dette tidspunkt allerede nået til tagene.Fra det 17. århundrede fulgte en lang periode af forladthed, hvor slottet blev frataget sit inventar og sine marmorvægdekorationer (hvoraf sporene kun er synlige bag kapitælerne) og blev ikke blot et fængsel, men også et tilflugtssted for hyrder, røvere og politiske flygtninge. I 1876 blev slottet, der var i en yderst usikker tilstand, endelig købt (for 25 000 pund) af den italienske stat, som sørgede for, at det blev restaureret fra 1879. I 1928 fjernede restaureringen under ledelse af arkitekten Quagliati murbrokkerne uden for slottet og nedrev en del af de smuldrende strukturer og genopbyggede dem senere for at give slottet et "forynget" udseende; dette stoppede dog ikke forfaldet, og der måtte foretages yderligere restaureringer mellem 1975 og 1981. I 1936 blev Castel del Monte erklæret for et nationalt monument.I 1996 optog UNESCO det på UNESCO's liste over verdensarv på grund af den matematiske og astronomiske stringens i dens former og den harmoniske blanding af kulturelle elementer fra Nordeuropa, den islamiske verden og den klassiske oldtid, et typisk eksempel på middelalderlig arkitektur.Selv om den almindeligvis omtales som et "slot", er den imponerende bygnings nøjagtige funktion stadig ukendt. Arkitektonisk set var bygningen uden typisk militære elementer og voldgrave og placeret i en ikke-strategisk position, og den var sandsynligvis ikke en egentlig fæstning. Nogle elementer i bygningen udelukker i øvrigt denne hypotese: f.eks. er tårnenes vindeltrapper anbragt mod uret (i modsætning til alle andre forsvarskonstruktioner fra den tid), en situation, der stillede borgens beboere i en ufordelagtig situation over for eventuelle angribere, fordi de ville have været tvunget til at holde deres våben med venstre hånd. Skyttehullerne er også for smalle til, at man kan antage, at der kunne skydes med pile.Selv hypotesen om, at der var tale om et jagtslot, en aktivitet, som var meget elsket af herskeren, er tvivlsom på grund af tilstedeværelsen af fine ornamenter og fraværet af stalde og andre rum, der er typiske for jagtsæder.På grund af den stærke symbolik, som bygningen er gennemsyret af, har man foreslået, at den kunne have været en slags tempel, eller måske et videnstempel, hvor man uforstyrret kunne hellige sig videnskabens studier.Under alle omstændigheder viser det sig som et storslået arkitektonisk værk, der er en syntese af raffineret matematisk, geometrisk og astronomisk viden.Visse mindre asymmetrier i de resterende dekorationer og indvendige døre, når de ikke skyldes ødelæggelse eller ændringer, har for nogle forskere givet anledning til at tro, at slottet og dets rum, selv om de var geometrisk perfekte, var designet til at blive brugt gennem en slags obligatorisk "vej", sandsynligvis efter astronomiske kriterier.For at forklare den totale mangel på korridorer er det også blevet foreslået, at der på første sal engang var en træbalkon, som nu er forsvundet, på den side, der vender ud mod den indre gård, og som ville have givet uafhængig adgang til de enkelte rum.En nyere hypotese går ud på at give bygningen funktionen af et wellness-center, der er egnet til regenerering og kropspleje, med det arabiske hammam som forbillede. Flere elementer i bygningen peger i denne retning: de mange og geniale systemer til kanalisering og opsamling af vand, de mange cisterner til opbevaring, tilstedeværelsen af de ældste baderum i historien, hele kompleksets særlige udformning, den obligatoriske interne sti og den ottekantede form.På grund af den ottekantede form med lige så mange ottekanter placeret i toppunktet af den centrale plan kan man antage, at bygningen blev opført for at minde om en krones form, hvilket ville forklare Castel del Monte's funktion, dvs. en yderligere bekræftelse af den kejserlige magt, et monument.Den ottekant, som kompleksets plan og dets elementer er baseret på, er en meget symbolsk geometrisk form: den er en mellemfigur mellem kvadratet, symbolet på jorden, og cirklen, der repræsenterer himlens uendelighed, og markerer således overgangen fra den ene til den anden.Valget af ottekantet kunne stamme fra Klippedomkirken i Jerusalem, som Frederik II havde set under det sjette korstog, eller fra Palatinkapellet i Aachen.Hele konstruktionen er gennemsyret af stærke astrologiske symboler, og dens placering er udformet således, at skyggerne fra væggene på solhverv og jævndøgn har en bestemt retning på solhverv- og jævndøgnsdage. Ved middagstid på efterårsjævndøgnets dag, når skyggerne fra væggene f.eks. helt ud over hele den indre gårdsplads, og præcis en måned senere dækker de også hele rummenes længde. To gange om året (den 8. april og den 8. oktober, og oktober blev dengang betragtet som årets ottende måned) kommer der desuden en solstråle ind gennem vinduet i den sydøstlige væg og belyser, når den passerer gennem vinduet ud mod den indre gård, en del af væggen, hvor der tidligere er blevet udhugget et basrelief.På de to søjler, der flankerer indgangsportalen, sidder to løver på hug, hvoraf den højre kigger mod venstre og omvendt, og de vender sig mod de punkter i horisonten, hvor solen står op på de to solhvervssolhverv om sommeren og vinteren.Der kan bemærkes en anden ejendommelighed i bygningen: til de fem vandcisterner under tårnene er der fem skorstene inde i bygningen, som er ideelt forbundet. Nogle har sat denne tilstedeværelse i forbindelse med ordene i Lukas-evangeliet: "I dag døber jeg jer med vand, men der skal komme en, som skal døbe jer med ild", hvilket giver troværdighed til hypotesen om, at bygningen blev brugt som en slags tempel.Det er blevet bemærket, at bygningen, set på afstand, ligner en krone, og især den krone, som Frederik II selv blev kronet med (også ottekantet).Hvis man ideelt set skar indgangsportalen til bygningen med en lodret linje, der går gennem dens akse, ville man kunne se et stort F, initialerne på den hersker, der ønskede det og som måske således efterlod sit mærke og sin signatur. Trappen ville også være udformet således, at den, der gik ud, aldrig kunne vende ryggen til bygningen eller til initialerne på den mand, der lod den opføre.Tallet otte går igen i forskellige elementer i denne konstruktion: Det er et af de mange elementer i denne bygning, der er til stede i de otte otte elementer: bygningens ottekantede form, den indre gårdsplads og de otte tårne i toppen, de otte indre rum, det indre bassin, der skulle være ottekantet, otte firkløverblomster på den venstre ramme på indgangsportalen, yderligere otte på den nederste ramme, otte blade på kapitælerne på søjlerne i rummene, otte blade på grundstenen, otte vinblade på grundstenen i det første rum i stueetagen, otte solsikkeblade på grundstenen i et andet rum, otte blade og otte kronblade på grundstenen i det femte rum, otte akantusblade på grundstenen i det ottende rum, otte figenblade på grundstenen i det ottende rum i øverste etage.