Ze kronkelen zich een weg onder de grond van Rome, langs de Appiaweg, in een reeks werkelijk angstaanjagend uitziende tunnels, over een afstand van meer dan 25 km verdeeld over vier niveaus en met een diepte van meer dan 20 meter. Volgens de overlevering strekken ze zich in Lazio nog eens 200 km onder de grond uit. De catacomben waren begraafplaatsen en werden ook pelgrimsoorden voor de eerste christenen die door het Romeinse Rijk werden vervolgd. Het is een plek met een rijke geschiedenis, omgeven door een magische, unieke en kostbare sfeer. Een onbekend aantal martelaren, 16 pausen en vele gewone mensen werden in deze catacomben begraven. Zij ontlenen hun naam aan de diaken Sint Callistus, die aan het begin van de 3e eeuw door paus Zephyrinus werd aangesteld om de begraafplaats te beheren, en zo werden de catacomben van Sint Callistus de officiële begraafplaats van de kerk van Rome.
Twee kleine basilieken met drie apsissen, "Tricore" genoemd, zijn zichtbaar in de ondergrond. In de oostelijke werden waarschijnlijk paus St. Zephyrinus en de jonge martelaar van de Eucharistie, St. Tarcisius, begraven.
De ondergrondse begraafplaats bestaat uit verschillende gebieden. De crypte van de pausen is de heiligste en belangrijkste plaats in deze catacomben, die "het kleine Vaticaan" wordt genoemd omdat daar 9 pausen en waarschijnlijk 8 hoogwaardigheidsbekleders van de 3e eeuw zijn begraven. Langs de muren staan de originele inscripties in het Grieks van 5 pausen. Op vier grafstenen staat naast de naam van de paus de titel "bisschop", omdat de paus werd beschouwd als het hoofd van de Kerk van Rome, en op twee grafstenen staat ook de Griekse afkorting voor "MPT" (martelaar).
De crypte van St Cecilia, de populaire beschermheilige van de muziek. Van een adellijke Romeinse familie, werd ze gemarteld in de derde eeuw. Begraven waar haar standbeeld nu staat, werd ze hier minstens vijf eeuwen lang vereerd. In 821 werden haar relikwieën overgebracht naar de aan haar gewijde basiliek in Trastevere. Het beeld van de heilige Cecilia is een kopie van het beroemde werk van Maderno, gebeeldhouwd in 1599. De crypte was versierd met fresco's en mozaïeken. Op de muur naast het beeld is een oude afbeelding van de heilige Cecilia, in een biddende houding; daaronder, in een kleine nis, is een afbeelding van de Verlosser, die het Evangelie vasthoudt; daarnaast is een schilderij van de martelaar paus St. Op één wand van het dakraam staan de figuren van drie martelaren: Polycamus, Sebastiaan en Quirinus. dit zijn de oudste kernen (2e eeuw).
Via imposante galerijen vol loculi komen we bij vijf kleine kamers, echte familiegraven, die cubiculae van de Sacramenten worden genoemd en vooral belangrijk zijn vanwege hun fresco's. De fresco's dateren uit het begin van de 3e eeuw en stellen symbolisch de sacramenten van Batesim en de Eucharistie voor. De profeet Jona, symbool van wederopstanding, is daar ook afgebeeld.
