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De hecho, la catedral data de la segunda mitad del año 1000, y fue construida sobre los antiguos restos de pueblos mesapios, romanos y cristianos primitivos. También ha sufrido numerosos asaltos y ha sido destruida y reconstruida varias veces. Un episodio por encima de todos es, sin duda, la invasión turca de 1480, durante la cual se escribió una de las páginas más tristes para la ciudad: en el interior de la catedral, en efecto, fueron masacrados los fieles y los miembros del clero que se refugiaron entre estos muros para escapar del ataque. El recinto cristiano fue defraudado y convertido en mezquita, y los tesoros artísticos que contenía fueron destruidos, hasta que la iglesia y toda la ciudad fueron liberadas por los aragoneses.
Por estas razones, la Catedral tiene un estilo original: la fachada tiene forma de frontón, con un gran rosetón central, enriquecido por finas tracerías góticas atravesadas por 16 rayos convergentes; hay dos portales, uno mayor de estilo barroco, escoltado por dos columnas que sostienen el arquitrabe, y otro inferior añadido posteriormente y situado en el lado izquierdo. Se trata de elementos encargados por los distintos arzobispos que se han sucedido al frente de la diócesis de Otranto a lo largo de los años.
La estructura tiene planta basilical y su interior es un espectáculo arquitectónico y artístico. Destaca inmediatamente la clásica división en tres naves, limitadas por hileras de cinco columnas corintias unidas entre sí por amplios arcos lunetos dobles. Embellece la nave y el presbiterio el hermoso techo lacunar de madera con detalles dorados. Enriqueciendo las naves centrales hay pinturas y seis altares dedicados a los sacramentos y símbolos cristianos.
Al final de la nave derecha se encuentra uno de los recuerdos más conmovedores de la Catedral: la Capilla de los Mártires. Esta parte de la iglesia está dedicada a la memoria del histórico exterminio de los mártires de Otranto, los 800 habitantes cristianos que fueron masacrados por los turcos en 1480 por no querer renunciar a su fe. Contemplar los restos expuestos, los huesos y la "piedra del martirio" en la que probablemente se produjeron los asesinatos deja a uno absolutamente sin aliento, y nos remite al dolor que las guerras religiosas siguen causando hoy en día.
La verdadera joya del interior de la catedral es el mosaico del suelo: una obra de arte de absoluto valor, asombrosa belleza y gran significado. La obra maestra, creada por el monje Pantaleone y terminada en 1164, representa de hecho el árbol de la vida y los pasajes narrados en el Antiguo Testamento, que hablan del camino que sigue el hombre para apartarse del pecado y buscar la salvación eterna. Los "actores" del mosaico son, por tanto, Adán y Eva, pero también otros personajes y numerosos animales, cada uno, por supuesto, con su propia carga simbólica. La obra embellece la nave y el coro con su propia magnificencia. Mucho más antigua, sin embargo, es la cripta, construida en el siglo XI, que es una de las partes arquitectónicamente más interesantes de toda la estructura. De hecho, es la más antigua de las criptas de Apulia, y su importancia se debe también a su considerable tamaño. La particular conformación de la cripta, dividida en cinco naves y 72 columnas y pilares, permite concluir que se trata de una especie de miniatura de la Mesquita de Córdoba y de la Mezquita Azul de Constantinopla, una confirmación más del mestizaje cultural del que Otranto siempre ha sido protagonista. Una mezcla cultural, un encuentro de pueblos, una combinación de diferentes estilos artísticos, que en la capilla subterránea queda atestiguada por otro elemento importante: la increíble diversidad y heterogeneidad de las 42 columnas sobre las que está construida. Cada uno de ellos, de hecho, tiene su propia calidad y origen de mármol y granito, y diferentes capiteles de estilo jónico, corintio, bizantino e islámico. Además, la cripta es accesible a través de dos escaleras situadas en el interior de la catedral.
