De feito, a Catedral data da segunda metade do ano 1000, e foi construída sobre os antigos restos de vilas mesapicas, romanas e paleocristianas. Tamén sufriu numerosos asaltos, foi destruído e reconstruído varias veces. Un episodio sobre todo é, sen dúbida, a invasión turca de 1480, durante a que se escribiu unha das páxinas máis tristes para a cidade: de feito, no interior da catedral foron masacrados os fieis e os membros do clero que se refuxiaron dentro destas murallas para fuxir do ' ataque. O lugar cristián foi defraudado e usado como mesquita, e os tesouros artísticos que contén foron destruídos, ata que a igrexa e toda a cidade foron liberadas polos aragoneses.Por estes motivos, a Catedral ten un estilo orixinal: a fachada ten forma de cabana, cun gran rosetón central, enriquecido por delgados tracerías góticas atravesadas por 16 raios converxentes; hai dous portais, un maior de estilo barroco, escoltado por dúas columnas que sosteñen o arquitrabe, e outro inferior engadido posteriormente e situado no lado esquerdo. Son elementos desexados polos distintos arcebispos que ao longo dos anos se sucederon baixo o mando da diocese de Otranto.A estrutura ten planta basilical e o seu interior ofrece un espectáculo arquitectónico e artístico. Destaca de inmediato a clásica división en tres naves, limitada por filas de cinco columnas corintias unidas entre si por grandes arcos con dobres arcos lunares. Para embelecer a nave central e o presbiterio está o fermoso teito con lacunas de madeira, con detalles dourados. Por outra banda, as naves centrais vense enriquecidas coas pinturas e os seis altares dedicados aos sacramentos e símbolos cristiáns.Ao final da nave dereita atópase un dos recordos máis conmovedores da Catedral: a capela dos Mártires. É unha parte da igrexa dedicada á memoria do exterminio histórico dos Mártires de Otranto, é dicir, dos 800 habitantes cristiáns que en 1480 foron masacrados polos turcos por non querer renunciar á súa fe. Observar os restos expostos, os ósos e a "pedra do martirio" na que probablemente se produciron os asasinatos é absolutamente impresionante, e lévanos de volta á dor que aínda hoxe provocan as guerras relixiosas.A verdadeira xoia do interior da Catedral é o mosaico do chan: unha obra de arte de valor absoluto, dunha beleza abraiante e de gran significado. A obra mestra creada polo monxe Pantaleone e rematada en 1164, representa de feito a árbore da vida, e as pasaxes contadas polo Antigo Testamento, que narran a viaxe que fai o home para librarse do pecado e buscar a salvación eterna. Os 'actores' do mosaico son pois Adán e Eva, pero tamén outros personaxes e numerosos animais, cada un por suposto coa súa propia carga simbólica. A obra embelece, coa súa magnificencia, as naves e o presbiterio.Moito máis antiga é en cambio a cripta, construída no século XI, e que representa unha das partes máis interesantes de toda a estrutura dende o punto de vista arquitectónico. De feito, é a máis antiga das criptas de Apulia, e a súa importancia débese tamén ao seu considerable tamaño. A particular forma da cripta, dividida en 5 naves e 72 entre columnas e piares leva a concluír que se trata dunha especie de miniatura da Mesquita de Córdoba e da Mezquita Azul de Constantinopla, unha confirmación máis da mestura cultural da que Otranto ten. sempre foi protagonista. Mestura cultural, encontro entre pobos, combinación de diferentes estilos artísticos que na capela subterránea testemuña outro elemento importante: a incrible diversidade e heteroxeneidade das 42 columnas sobre as que está construída. Cada un destes, de feito, ten a súa propia calidade e orixe de mármore e granito, e diferentes capiteis nos estilos xónico, corintio, bizantino e islámico. Ademais, a cripta é accesible a través de dúas escaleiras situadas no interior da catedral.